Поздно вечером 28 августа 1922 года на подворье Космо-Демьяновского монастыря для пострига собрались архиепископ Никодим (Кротков), архиепископ Димитрий (Абашидзе) и другие священники. Постриг и служба, на которой состоялась хиротония, продолжалась почти до 10 часов утра. Такие секретные меры были вызваны крайней активностью так называемой «Живой Церкви» и, конечно же, попыткой властей поставить Православную церковь вне закона.
Рукоположение епископа Сергия оказалось своевременным. Уже через месяц-полтора архиепископ Никодим (Кротков) был арестован. Владыка Димитрий (Абашидзе) так же был привлечен к судебному разбирательству. Были арестованы и многие наиболее деятельные священники и монахи. Архиепископ Никодим был выслан в Нижегородскую тюрьму, архиепископ Димитрий за пределы Крыма. Остался только епископ Сергий (Зверев).
Многотруден архиерейский крест во столь страшное время разброда и всеобщего шатания, когда встает брат на брата и проливается христианская кровь. Велика ответственность архиерея за каждую христианскую душу, вверенную ему Господом, но и велика благодать, укрепляющая доброго пастыря на его тернистом пути исповедника.
21 февраля 1923 года епископ Сергий утверждается церковным Священноначалием на Мелитопольской кафедре.
В 1923 году владыка Сергий призывает оказать помощь голодающим. Власти же видели в нем только своего идейного врага. Очень много было на него доносов, но все обвинения оказались несостоятельными. Любовь народа к своему иерарху, его популярность в то время еще могла приостановить руку палачей.
В 1924 году, оставаясь епископом Мелитопольский, владыка Сергий возглавляет Самарскую епархию, так как архиепископ Самарский Анатолий (Грисюк) был арестован.
В 1926 году владыку арестовывают, осуждают на 2 года по статье 58, 10 и высылают. После окончания ссылки епископ Сергий возвращается к церковному служению и через некоторое время возводится в сан архиепископа.
В 1935 г. владыку снова арестовывают и осуждают по статье 58, 10 УК на 5 лет исправительно-трудовых лагерей.
Невзирая на абсурдность обвинения, владыка с подлинным христианским смирением, с непрекращающейся сердечной молитвой принимал все безропотно, как бы из рук Самого Христа. 21 января 1935 года объявлен приговор, и ревностный исповедник веры Православной был отправлен в Карагандинские лагеря НКВД. В лагере владыка Сергий вместе с другими священниками и мирянами тайно собирались для молитвы. Молились истово, смиряясь со всеми ужасами лагерной жизни, перенося все безропотно, с кротостью и любовью, видя во всем Промысел Божий. Лагерному начальству это не понравилось. Архиепископу Сергию вместе с другими священниками было предъявлено обвинение по ст. 58, 10, 11 УК РСФСР, заключавшееся в следующем: пребывание в контрреволюционной организации; на протяжении всего времени пребывания в лагере проведение активной контрреволюционной антисоветской деятельности, которая заключалась в нелегальных молитвенных собраниях, совершении панихид по убиенным священнослужителям, наличии связи с заграницей, непризнании Советской власти.