Дело сразу пошло трудно. В своих мемуарах Адлер писал: «Жгучая азотная кислота появлялась там, где ее не ждали. Механики сбились с ног, устраняя течи, и сами не обходились без ожогов. В довершение всего, хорошо отлаженный ЖРД. прекрасно запускаемый на земле, никак не хотел запускаться в полете, а это было опасно: запаздывание запуска хотя бы на одну-две секунды могло привести к взрыву ЖРД от накопленной в его камере сгорания смеси компонентов, вовремя не воспламененной, а это могло взорвать весь самолет». Тогда в голову пришла простая мысль: в момент запуска надо создать в камере сгорания условия, близкие к земным, и сделано это было элементарно: сопло закрыли простой картонкой, примотав ее нитками. Разрежение в камере сгорания в полете уменьшилось, и удалось включить ракетный двигатель, разогнавшись на высоте 5000 м до скорости 782 км/ч. Но 12 мая на аналогичном самолете Ла-7Р при запуске РД-1 на земле произошел взрыв.
Хотя уже было ясно, что дальнейшее развитие истребительной авиации будет связано с турбореактивными двигателями, и на Як-3 уже «примеряли» немецкий ТРД JUMO 004, Яковлев настаивал на продолжении работ по ЖРД. Для повышения его надежности Глушко предложил вместо электрического запуска применить химический. Новый двигатель РД-1ХЗ быстро поставили на Як-3РД, но 14 мая в процессе его первого запуска на земле произошла вспышка скопившейся в камере топливной смеси, повредившая сопло. В тот же день поставили новый ЖРД (с электрозапуском). 15 мая Яковлев пригласил специалиста КБ-16 для консультации. Приехал сам Глушко, посмотрел запуск РД-1 на земле и разрешил полеты. Е.Г Адлер вспоминает: «На наш вопрос: «Что же произошло у Лавочкина?", он (Глушко. – Авт.) бодро ответил там у них был тощий факел, у вас – нормальный". Хотя Адлер не был удовлетворен таким ответом, полетный лист Расторгуеву он подписал. Но сам поехал к Яковлеву с намерением добиться прекращения испытаний ввиду их небезопасности и явной бесперспективности, ведь боевая ценность самолета, который мог выполнить всего одну атаку, была невысока. Пока он спорил с Главным конструктором, зазвенел телефон. Яковлев взял трубку Звонили с ЛИСа: в полете произошла авария топливной системы ЖРД, и при попытке его запуска в камере сгорания произошел взрыв. Расторгуев посадил самолет с оторванной левой половиной руля высоты. Всего на Як-3РД удалось выполнить 21 полет продолжительностью 7 ч 11 мини предпринять 8 попыток включения РД-1 в воздухе.
Як-3РД долго стоял, все усилия ОКБ были сосредоточены на турбореактивной модификации Як-3 (его ведущим конструктором стал Е.Г. Адлер, а законсервированный РД курировал Моторин), но в начале августа 1945 г. неожиданно поступил приказ подготовить его к воздушному параду в честь Дня авиации 18-го числа. Турбореактивных истребителей у СССР еще не было, но надо было показать бывшим союзникам, а теперь – вероятным противникам, хотя бы что-нибудь. Як-3РД должен был подойти к Тушино на малой высоте, включить ЖРД и перейти в набор высоты крутой «свечой».