Из-за недостаточной дальности полета Як-3 мало интересовал морских летчиков, тем не менее, самолет попал и в Авиацию ВМФ. Наряду с Як-9У. машины этого типа получил знаменитый 6-й Севастопольский дважды Краснознаменный ГИАП ВВС Черноморского флота, которым командовал подп-к Авдеев.
Як-3 в первую очередь получали полки, летавшие на «Яках» предыдущих типов. Но не везде перевооружение проходило гладко. В сентябре 1944 г. получать Як-3 убыла 2-я эскадрилья 812-го Краснознаменного Севастопольского ИАП. После освоения новой техники командиру эскадрильи И.В. Федорову было поручено провести летно-тактические учения и показать преимущества Як-3 перед истребителями Як-1б и Як-9Т, на которых воевал полк до того. Завершала мероприятие «атака бомбардировщика» (его имитировал конус буксируемый за Як-9), которого прикрывали четыре «старых» Яка. Пара Як-3 молодых летчиков Лопатина и Викторовича «связала боем> прикрытие, а л-ты Дергачев и Тюле- нев, также недавно поступившие в полк, атаковали конус Первая же очередь Николая Дергачева прошлась по мишени, она завиляла, и тот резко отвернул, чтобы не налететь на мишень и дать отстреляться Тюленеву. Вдруг наблюдавшие с земли комдив Карягин, командир полка Попов и летчики части увидели, что одна консоль истребителя отделилась. Когда Дергачев смог выбраться из кабины, раскрывать парашют было уже поздно. Сжатое в комок, его тело ударилось о землю… Было видно, что перегрузка при маневре не могла превысить 5-6 единиц. Заводская комиссия определила, что причина – недостаточная прочность крыла. Полученные самолеты отправили в ПАРМ под Брест, где уже выполняли заводской бюллетень по усилению консолей. Тем временем, полк начал получать Як-9У, приступил к освоению этих самолетов вместо Як-3 еще один полк дивизии – 291-й ИАП. Лишь после выполнения доработок Як-3 получила одна эскадрилья 812-го полка. Полностью на «тройки» пересел третий полк 265-й ИАД – 402-й Краснознаменный Севастопольский ИАП м-ра А.Е. Рубахина.
Всего за 1944 г. было потеряно девяносто Як-3, в т.ч. 56 не вернулись из боевых вылетов, но причины гибели известны только для четырнадцати случаев – по семь сбили вражеские истребители и зенитки. Три самолета были списаны по износу, а 31 разбился в авариях и катастрофах. Такая высокая аварийность (как минимум 34,4%!) беспокоила ОКБ, но принимаемые меры не давали пока результата, а Яковлев требовал не допускать роста веса конструкции Небоевая убыль Як-9 с ВК-105ПФ за тот же период была лишь 25,9%, Як-9У ВК-107А – 11,1%, Як-1 – 18,1%, Аэрокобра – 27,4%. Но у Лавочкина ситуация была еще хуже. В потерях более сложных в пилотировании Ла-5ФН доля летных происшествий достигла 35,6%, а Ла-7 – 38,7%.