Поскольку разрушенное войной и грабежами хозяйство Чечни практически не давало иных способов самообеспечения, кроме криминальных, официальные власти Грозного оказались бессильными перед волной преступности и не смогли разоружить боевые отряды, поделившие Чечню на зоны влияния. Безоглядная борьба за абсолютную свободу и полную независимость стала причиной абсолютного же беззакония и анархии. Масхадову приходилось лавировать между интересами различных группировок, сохраняя лишь видимость единства Чечни. При этом реального государственного строительства и восстановления экономики Республики Масхадов организовать не смог. Существование Чечни было обеспечено лишь практически открытыми границами с Россией, российской электроэнергией и энергоносителями, российским рынком.
Целенаправленные акции чеченских властей против нечеченского населения, нежелание вести серьезную борьбу с бандитизмом и терроризмом, похищениями людей и работорговлей, использование рабского труда заложников и военнопленных на тяжелых работах по строительству военных объектов в горных районах Чечни, говорило о полном циничном пренебрежении к правам человека.
Фактическая изоляция Масхадова и распространение сферы деятельности криминальных сообществ Чечни на прилежащие российские территории не могли не привести как к внутричеченскому конфликту, так и к обострению отношений Грозного с Москвой. Действительно, разногласия Масхадова с “непримиримыми” привели к уходу Шамиля Басаева с поста премьера Чечни и к методичной критике Масхадова со стороны Салмана Радуева. В Урус-Мартане и близ Гудермеса происходят атиправительственные выступления ваххабитов. Масхадову приходится концентрировать свои вооруженные силы в Грозном.
20 июня 1998 года Радуев выступил по местному телевидению с призывом чеченцев к активным действиям против руководства республики. На следующий день в центре Грозного состоялся многочисленный митинг. Радуев отдал приказ о захвате телевидения и мэрии Грозного. Но отряды Масхадова рассеяли митинг. В перестрелке были убиты несколько сторонников Радуева и Басаева. 24 июня Масхадов ввел в Чечне чрезвычайное положение.
13 июля произошло столкновение между боевиками Исламского полка спецназначения (А.Бараев) и боевиками Гудермесского батальона Национальной гвардии Чечни. В последующие два дня в перестрелках было убито около 50 человек. После этого Арби Бараев был из генералов разжалован в рядовые и обвинен в похищении людей, в том числе в похищении и убийстве трех англичан и новозеландца. Однако Бараев сохранил хорошо вооруженную группировку и свою зону влияние, неподвластную Грозному. 23 июля 1998 года произошло покушение на Масхадова.