С 13 августа 1999 подразделениями МВД России Минобороны России начата контртеррористическая операция по уничтожению боевиков в Ботлихском районе Дагестана, которая завершилась к 25 августа 1999 года. Вторым этапом общего плана борьбы с экстремистскими силами в Дагестане было предусмотрено уничтожение главной базы экстремистов, созданной в Кадарской зоне Буйнакского района.
29 августа началось блокирование, разоружение и ликвидация незаконных вооруженных формирований в населенных пунктах Карамахи, Чабанмахи, Кадар, Дуранги. Силы правопорядка встретили упорное сопротивление со стороны боевиков, которые заранее подготовили в инженерном отношении местность и населенные пункты, создали склады оружия, боеприпасов, продовольствия и медикаментов.
5 сентября в целях отвлечения внимания федеральных сил от Кадарской зоны отряд Басаева в количестве до 500 человек проник на территорию Новолакского района, осуществил захват населенных пунктов Новолакское, Гамиях, Шушия, Тухчар, Ахар, Дучи и попытался прорваться к Хасавюрту, однако был остановлен ответным огнем сил правопорядка.
Заблокировав имеющиеся в селениях подразделения милиции, боевики закрепились и подготовились к длительному сопротивлению. В течение суток к экстремистам прибыли дополнительные силы общей численностью до двух тысяч человек. В отместку за отказ от сотрудничества с боевиками, они терроризировали население, оскверняли мечети и кладбища, насильственно привлекали мастных жителей к работе по оборудованию оборонительных позиций. Не согласившиеся перейти на сторону боевиков дагестанские милиционеры расстреливались на месте.
9 сентября с учетом расширения зоны боевых действий, решением Президента РФ руководство всеми силовыми структурами на Северном Кавказе перешло к Министерству обороны России. 13 сентября федеральные сил полностью освободили Кадарскую зону и с. Гамиях в Новолакском районе. 17–19 сентября освобождены населенных пункты Ахар, Новолакское, Шушия, Чапаево.
Общие потери за всю войсковую операцию в Дагестане составили: погибшими 282, ранеными 1005. Имелись также многочисленные жертвы среди мирного населения.
По материалам расследования вооруженного вторжения и участия в боевых действиях в Дагестане на стороне бандформирований было арестовано более 200 человек, из них 40 заочно. 17 чеченских полевых командиров были объявлены в международный розыск. Задержан и лидер дагестанских экстремистов Надир Хачилаев.
Планы чеченских боевиков по захвату власти в Дагестане были сорваны.
Владимир Путин заявил, выступая в Совете Федерации, что агрессия в Дагестане, теракты в Буйнакске, Москве и Волгодонске представляют собой “задолго спланированную, заранее подготовленную и щедро финансируемую из зарубежных центров” агрессию. “Это безумие с маниакальными, но вполне прозрачными целями. Мания величия с абсолютно конкретными геополитическими и экономическими задачами… Религиозный фанатизм выполняет здесь лишь роль идеологической оболочки. Он является прикрытием агрессивных внешнеполитических и экономических интересов” (“Российская газета”, 24.09.99).