Да, на этот раз английский король обманулся в своих расчетах, но, надо сказать, очень быстро это заметил. Не прошло и года с тех пор, как канцлер был назначен архиепископом, а уже обозначились первые разногласия, возникшие во время процесса священника, представшего перед королевским судом. Томас потребовал тогда, чтобы провинившегося, в соответствии с обычаями той эпохи, судил церковный суд. Подобные трения возникали еще не раз, и к 1164 г. король и его бывший канцлер уже находились в состоянии откровенной вражды. В октябре, после того как король попытался навязать свою волю, издав знаменитые Кларендонские постановления, — они понадобились только затем, чтобы основать нечто вроде национальной Церкви, сведя на нет судебную власть епископов и апелляции к папе, — после бурных сцен, которыми сопровождались встречи архиепископа с королем в Нортгемптоне, Томас тайно отправился в монастырь в Истри, на побережье, и назавтра же после дня Всех Святых, еще до рассвета, отплыл во Францию. После этого он вернется в Англию лишь затем, чтобы умереть.
Эпизоды этой драматической ссоры интересуют нас здесь лишь постольку, поскольку они связаны с историей Алиеноры. А она решительно держалась в стороне от всех этих дел и, как мы видели, питала к Томасу чувство, близкое к ревности. Тем не менее, из письма Иоанна Солсберийского мы узнаем, что она за Бекета заступалась, так же, как и «императрица» Матильда. Правда, в другом письме, написанном в конце мая 1165 г. епископом Пуатье Иоанном де Бельменом, последний сообщает архиепископу Кентерберийскому, чтобы тот не рассчитывал ни на помощь, ни на советы Алиеноры, «тем более, — прибавляет он, — что она полностью доверяет Раулю де Фе, который относится к вам все так же враждебно». В самом деле, у Рауля де Фе были личные разногласия с прелатом, и, с другой стороны он играл заметную роль при королеве и участвовал во всех действиях Алиеноры, направленных отныне против ее супруга.
И все же сами поступки и образ действий Томаса окажут решающее влияние на поведение королевы и ее детей. Томас нашел приют при французском дворе и, как некогда во времена тулузской истории, Генрих Плантагенет по этому случаю получил урок от Людовика VII, которого он так презирал и столько раз задирал, оскорблял и высмеивал. В самом деле, на следующий день после встречи в Нортгемптоне, узнав о том, что Томас потихоньку скрылся, английский король поспешил запереть свои порты, попросить графа Фландрского не принимать архиепископа у себя — на тот случай, если ему все-таки удалось покинуть остров, — и, подозревая, что Бекет ринется к королю Франции, немедленно отправил к последнему гонцов. Эти гонцы, благодаря невероятному совпадению, переплыли Ла-Манш в ту ночь, когда то же самое, только тайно, сделал и Томас: в ночь с первого на второе ноября 1164 г. Им удалось встретиться с королем в его замке в Компьене и передать ему письмо Генриха с просьбой не принимать архиепископа Кентерберийского, который покинул свою епархию без разрешения английского короля и тем самым оказался низложенным.