Если прежняя малая эффективность подводных лодок была определенным образом разъяснена и начальник 4-й флотилии эсминцев отныне мог правильно оценивать тактическую возможность субмарин, то фактический размер оперативной неудачи подлодок в норвежской операции был гораздо большим, чем к этому времени понимали в штабе командующего подводным флотом.
На основании первых донесений о вторжении английских военно-морских сил в гавань Нарвика немецкое военно-морское командование предписало, согласовав с командующим подводным флотом, из стоящих между Шетландами и Норвегией подводных лодок 5-й группы сразу четыре лодки (U-38, U-47, U-48, U-49) отправить в Ваагс-фьорд, а две лодки (U-50, U-52) на Тронхейм. С ненадежностью заградительных позиций на пути ожидаемых английских десантных транспортов пришлось мириться до тех пор, пока лодки 6-й группы не были поставлены в восточной части узкого прохода Шетланды — Норвегия. Уже стоящая перед Нарвиком 1-я группа подводных лодок получила приказ войти глубже в Вест-фьорд, чтобы иметь возможность контролировать вход в Нарвик.
Во время перехода в Нарвик подводные лодки 5-й группы неоднократно входили в контакт с противником, при этом два охраняемых транспортных парохода шли курсом на северо-восток, что позволило сделать вывод об английской высадке в Ваагс-фьорде. Когда 13 апреля стоящие в Вест-фьорде подводные лодки не сообщили о вторжении английских вооруженных сил в Офот-фьорд, не говоря уже о том, что не предотвратили его (хотя могли), военно-морское командование оценило положение перед Нарвиком как серьезное и дало командующему подводным флотом распоряжение отправить все большие и средние лодки в район Вест-фьорд — Ваагс-фьорд. Наконец, командование ВМС освободило последний оперативный резерв, предназначенный для операции «Гельб» (нападение на Запад), — готовые маленькие лодки U-17, U-23, U-24. Командующий подводным флотом возразил: подводные лодки, находящиеся в районе Тронхейма, включая Намс-фьорд и Ромсдаль-фьорд, должны были там же и оставаться, чтобы своевременно явиться на место в случае ожидавшихся английских высадок. Военно-морское командование взяло это в расчет уже на следующий день в изменившихся условиях. В качестве замены 3-й группы подводных лодок, использованной против предполагаемых мест высадки, только что высвобожденные U-17, U-23, U-24 были передислоцированы в Берген, где и оставались, не соприкасаясь с противником, до 25 апреля и затем ушли в район Шетландских островов.
Передислокация подводных лодок в районе Нарвика во внутреннюю часть фьордов привела к тому, что они получили возможности для ведения стрельбы, однако при 50–75 % отказов торпед лодки вследствие сильной обороны в тесных фьордах находились в опасности. Освещенность даже ночью в северных широтах и тихая ясная вода фьордов очень ограничивали возможность использования лодок. Непрерывная эффективная охота противника за субмаринами не давала лодкам возможности заряжать батареи. Согласно сообщению, поступившему от U-47, господствовали «условия обороны, как перед английскими основными опорными пунктами». И все же в ночь с 15 на 16 апреля в Ваагс-фьорде у Бигдена U-47 (капитан-лейтенант Прин) смогла на самом благоприятном удалении выпустить дважды по 4 торпеды по стоящим на якоре крейсерам и большим транспортным судам; тем не менее это было безрезультатно. Командующий подводными лодками не мог больше обеспечить субмаринам бесполезное и опасное пребывание во фьордах и 15 апреля приказал стоящим в Вест-фьорде подводным лодкам стать перед входом в гавань. 16 апреля соответствующие приказы получили лодки, стоящие в Ваагс-фьорде, Анд-фьорде и Ромсдаль-фьорде, а 18 апреля, наконец, и лодки, стоящие в Намсус-фьорде.