Затем политическая ситуация и вовсе изменилась коренным образом. Рухнула ОВД, а за ней перестал существовать СССР. Главный заказчик -Альбатроса- исчез, что вообще поставило под вопрос производство реактивных УТС в Чехословакии, Тем не менее, водоходовцы не опустили рук и предприняли воистину титанические усилия для продолжения совершенствования L-39 и поиска новых рынков его сбыта. Поначалу помощь оказало правительство страны, закупившее в 1991-92 гг. пять L-39MS: все летные прототипы и предсерийную -единичку-. Две машины остались в распоряжении -Водоходов-. Там их стали использовать в качестве летающих лабораторий. Так. одна из машин в настоящее время участвует в программе испытаний новой модификации катапультного кресла VS-2.
На внешнем рынке самолет стали рекламировать под обозначением L-59 (интересно, что этот индекс носил нереализованный проект легкого штурмовика, разработанный Влчеком в начале 1960-х гг.). Активный маркетинг вскоре принес первые результаты: новинкой заинтересовался старый клиент чехословацкой -оборонки- Египет. Каир подписал с -Аэро-Водоходами- контракт на закупку 48 самолетов, получивших обозначение L-59E. По требованию заказчика эту версию -Альбатроса- оснастили БРЭО западного производства, а подкрыльевые пилоны приспособили для подвески как западных. так и советских образцов вооружения Прототипом стал переоборудованный самолет 0101, который облет али после доработок 22 апреля 1992 г. Поставки начались 29 января 1993 г. и завершились в начале 1994 г. К тому времени Чехо-Словакия уже распалась, и при разделе имущества два L-39MS достались Братиславе.
Очевидно, пример Египта вдохновил приобрести новую технику Тунис, который заказал 12 L-59T. Эта модификация отличалась от египетской лишь тем. что на ней не предусмотрена подвеска советских образцов вооружения. В качестве прототипа использовали все тот же самолет 0101. Поставки были осуществлены в 1995-96 гг.
Другое направление в развитии -Альбатроса- возникло. когда -Аэро-Водоходы- решили принять участие в программе JPATS (Joint Primary Aircraft Training System), предусматривавшей создание единого учебно-тренировочного самолета первоначальной подготовки для Вооруженных сил США В этом конкурсе испытали свои силы почти все известные мировые компании, занимавшиеся созданием УТС. Водоходовцы стали примеряться к американским требованиям еще в 1990 г.. параллельно изучая возможности -вестернизации- серийного L-39C и улаживая с СССР спорные вопросы. связанные с использованием на машине советского оборудования. Работы над самолетом, названным L-139 Super Albatros (или Albatros 2000), велись под руководством Доброслава Рака. В 1991 г. был заключен ряд соглашений с западными партнерами. 15 июня -Аэро-Водоходы- подписали меморандум с американской компанией Garrett, позже вошедшей в состав корпорации Allied Signal. Он касался использования на -Супер Альбатросе- двигателя -Гаррегт- TFE 731-4, который развивал практически такую же тягу, что и АИ-25ТЛ – порядка 1800 кгс. но выгодно отличался от него меньшим на 15% расходом топлива. В сентябре начались конструкторские работы, связанные с пересадкой нового -сердца-, а из Штатов прибыл макет -Гаррета- для практической отработки компоновочных решений. Предполагалось, что различные агрегаты для силовой установки самолета, включая ВСУ. будут поставлять американские фирмы Abex, Ametek, Lucas.