Предложение же Жукова отвести войска Юго-Западного фронта целиком на восточный берег р. Днепр, сосредоточив при этом в районе Конотопа, Прилуки необходимые резервы для парирования удара противника по флангу этого фронта, вызвало гнев Сталина. Г.К. Жуков был отстранен от должности начальника Генштаба и назначен командующим Резервным фронтом.
В конце августа — начале сентября 1941 г. войска Брянского фронта нанесли удары по флангам 2-й танковой группы Гудериана, наступавшей в направлении Рославль, Конотоп. Однако из-за серьезных просчетов командования фронта в оценке намерений противника и допущенных ошибок в организации и ведении военных действий они сумели лишь сковать незначительную часть сил врага (один немецкий моторизованный корпус). Предотвратить же выход основной его группировки в тыл Юго-Западному фронту не смогли и, более того, сами оказались в тяжелом положении.
Обстановка на правом крыле Юго-Западного фронта ухудшалась с каждым часом. На предложение командующего фронтом М.П. Кирпоноса отвести войска на тыловой рубеж начальник Генштаба Шапошников ответил, что Ставка считает это предложение пока преждевременным. Самого командующего обвинили в панических настроениях. Главком Юго-Западного направления маршал С.М. Буденный, понимая опасность назревающей катастрофы, поддержал Кирпоноса и запросил разрешения на отвод войск ЮЗФ. В докладе Сталину 11 сентября он пишет:
«<…> Промедление с отходом Юго-Западного фронта может повлечь потерю войск и огромного количества матчасти.
В крайнем случае, если вопрос с отходом не может быть пересмотрен, прошу разрешения вывести хотя бы войска и богатую технику из Киевского УР, эти силы и средства безусловно помогут Юго-Западному фронту противодействовать окружению противника».
Но Сталин опасался, что отвод войск на неподготовленный рубеж превратится в отступление с непредсказуемыми последствиями. На переговорах с Кирпоносом по прямому проводу он напомнил тому, что при отводе войск из района Бердичев и Новоград-Волынский на р. Днепр фронт потерял две армии, а отход превратился в бегство. Он приказал «перестать, наконец, заниматься исканием рубежей для отступления, а искать пути сопротивления». Переговоры Верховный Главнокомандующий закончил фразой: «Киева не оставлять и мостов не взрывать без разрешения Ставки <…>».
На следующий день, 12 сентября, С.М. Буденный Ставкой был отстранен от должности Главкома и заменен маршалом С.К. Тимошенко. Кроме чисто военных аспектов возникшей кризисной обстановки, несогласие Сталина с предложением об отводе войск Юго-Западного фронта было также связано с обещанием, которое он дал представителям Великобритании и США, не исключавшим возможность разгрома Красной Армии, в результате чего обещанная ими помощь может попасть в руки Гитлера. Сталин заверил их, что к началу зимы линия советско-германского фронта будет проходить по линии юго-западнее Ленинграда, восточнее Смоленска и западнее Киева. Убеждая будущих союзников в способности Красной Армии эффективно использовать их помощь, Сталин хотел добиться увеличения поставок. Позднее Василевский вспоминал, что Сталин до 17 сентября вообще отказывался обсуждать вопрос об отводе войск Юго-Западного фронта. Он хотел сохранить угрозу правому флангу группы армий «Центр», так как надеялся, что наступление трех фронтов — Западного, Резервного и Брянского — не позволит противнику перебросить значительные силы для выхода в тыл Юго-Западного фронта.