Большие потери в людях (в том числе и в командном составе), вооружении и боевой технике, продолжающееся формирование новых соединений и частей, а также снизившиеся производственные возможности промышленности в связи с массовым перебазированием предприятий в глубокий тыл, вынудило советское командование внести крупные изменения в организационную структуру войск. Еще 15 июля Ставка указала на необходимость при первой возможности постепенно, без ущерба для текущих операций, подготовить переход к системе небольших армий «в пять — максимум шесть дивизий без корпусных управлений».
По штату, утвержденному 29 июля, численность личного состава стрелковой дивизии уменьшилась почти на 30 % и составила 11 634 человека (начсостав — 862, младший начсостав — 1612, рядовой состав — 9160). Уже с 17 сентября из дивизий изъяли вторые артполки, количество орудий в них уменьшилось наполовину (остался один артполк, имевший по штату 76-мм орудий — 16, 122-мм — 8), автомашин — на 64 % (осталось — 226, из них грузовых — 196), лошадей в дивизии осталось — 2740 (из них верховых — 497). В таком составе наша стрелковая дивизия, по сравнению с немецкой пехотной дивизией, теперь имела меньше: людей — в 1,4 раза, стрелкового оружия — в 1,4, орудий и минометов — в 2,1 раза, лошадей — в 1,8 раза.
Однако значительная часть стрелковых дивизий, несмотря на полученное пополнение, имела низкую степень укомплектованности даже по отношению к сокращенному штату.
Так, на 20 сентября стрелковые дивизии 30-й армии были укомплектованы личным составом на 49–50 %, 101 тд — 55 % (танками на 14 %), 107 тд — 58 % (танками на 57 %). Хуже всего были укомплектованы дивизии тех армий, которые, несмотря на приказ о переходе к обороне, продолжали проводить частные наступательные операции. Во многих дивизиях ощущался недостаток артиллерии, пулеметов и средств транспорта (две дивизии — 170-ю и 98-ю сд — пришлось 30.09.1941 г. расформировать как материально не обеспеченные. Остатки личного состава и матчасти передали в 22-ю армию). К 1 октября несколько лучше были укомплектованы стрелковые дивизии 16-й армии — в среднем на 91 %, 19-й — на 73 %, 20-й — на 74 %.
Уже с началом немецкого наступления, в период с 3 по 7 октября, для пополнения соединений Западного фронта прибыло 47 маршевых рот и 3 роты специалистов. К сожалению, качество пополнения было существенно ниже предъявляемых требований. Так что сведения немецкой разведки о том, что к концу сентября войскам фон Бока противостоят 80 дивизий противника и еще 10 дивизий находятся в резерве (дивизии народного ополчения), по своей укомплектованности и вооружению эквивалентные 54 полнокровным дивизиям, были не так уж далеки от истины.