Когда Чарлзу исполнилось одиннадцать лет, отец получил новый большой приход в графстве Йоркшир, и все семейство переехало в деревню Крофт. Огромный сад, окружавший просторный пасторский дом, был отдан в распоряжение детей. Здесь они играли во всевозможные игры, придуманные Чарлзом. Была тут и «железная дорога», которую соорудил он сам и для которой написал «правила». Одно из них гласило: «В случае если поезд сойдет с рельс, пассажиров просят не вскакивать, а лежать до тех пор, пока их не поднимут. Необходимо, чтобы по ним прошло не менее трех составов, а то врачам и санитарам нечего будет с ними делать». Был тут и театр марионеток, сооруженный Чарлзом с помощью деревенского плотника и некоторых членов семьи, для которого он написал несколько шуточных пьес. В сарае, прятавшемся в углу сада, нередко давались представления «факира и фокусника» — им был все тот же Чарлз. Эти детские игры позже найдут свое отражение в сказках об Алисе, где появится и странный поезд, и герои английского кукольного театра Панч и Джуди, и многое другое.
Первоначально Чарлз учился дома; до двенадцати лет его наставником был отец, превосходно подготовивший его и по математике, и по латыни и греческому языку. Затем мальчика отправили в школу — сначала в Ричмонд, потом в знаменитый Регби. Это была закрытая школа-пансион, одна из так называемых публичных школ, которые предназначались совсем не для детей широкой публики, хотя и носили такое название. На первом месте в школе стояла христианская мораль и нравственность, за ними — джентльменское поведение и лишь затем интеллектуальные достижения. Среди шести опаснейших грехов назывались плотская распущенность и склонность к дурному обществу. Чарлз твердо верил, что жизнь есть не прекращающаяся ни на час борьба с дьяволом; одержать в ней победу можно лишь благодаря неустанной бдительности, воле и строгости, в первую очередь к самому себе, упорному труду и постоянному — в молитвах и мыслях — общению с Богом. Этим принципам Кэрролл остался верен на протяжении всей своей жизни. Свидетельства тому — девять сохранившихся томов его дневника (четыре были потеряны после его смерти родными, не отдававшими себе отчета в том, какое сокровище досталось им в наследство), его многочисленные письма, воспоминания родных и друзей, в том числе тех, кто дружил с ним в детстве и юности, и, конечно, его произведения.
Учеба давалась Чарлзу легко. Особых успехов он достиг в математике и древних языках. Однако в латинском стихосложении, занимавшем немалое место в школьной программе, он порой выказывал пренебрежение общепринятыми правилами, вводя свои исправления, которые, как отмечали его преподаватели, были всегда логически оправданны. «С удивительным хитроумием он подменяет обычные, описанные в грамматиках окончания существительных и глаголов более точными аналогиями или более удобными формами собственного сочинения», — отмечал в своем отзыве о четырнадцатилетнем Чарлзе его наставник мистер Тейт. Уже в эти годы в будущем писателе пробудился интерес к словам и к той логической игре с ними, которой будет впоследствии отмечено его творчество.