Последующая жизнь Чарлза Латвиджа Доджсона связана с Крайст Чёрч. Он окончил университетский курс с отличием по математике; вскоре ему был предложен пост стипендиата в Крайст Чёрч. Стипендиатами в те годы называли членов колледжа, получавших скромную пожизненную стипендию, т. е. содержание, позволявшее им заниматься богословием или наукой (порой, как это было с Доджсоном, и тем и другим) в стенах Крайст Чёрч. При этом им предоставлялась квартира, право пользования библиотекой и прочее; при желании они могли пополнять свои доходы чтением лекций или частными уроками. По все еще действовавшему в те годы уставу Крайст Чёрч, принятому в XVI веке, когда при оксфордском соборе Христовой церкви был учрежден богословский колледж, стипендиат посвящался в духовное звание (сначала диакона, затем священника) и давал обет безбрачия. Доджсон не сразу решился на этот шаг — ему предшествовали долгие раздумья, беседы с отцом и епископом Оксфордским Уилберфорсом. Несмотря на свою принадлежность к «Высокой церкви», Чарлз уже и в те ранние годы чувствовал, что не может полностью принять ее доктрин и некоторых требований, предъявляемых к священнослужителям. Он задумывался над идеей «вечного проклятия» — позже, в зрелые годы он напишет специальный труд, в котором как логик опровергал ее. Смущал его запрет на посещение театра и занятия фотографией, на котором настаивали многие служители англиканской церкви (он любил театр и был прекрасным фотографом-любителем).
Наконец в декабре 1861 года, после подробных бесед с епископом Уилберфорсом, заверившим его, что этот запрет относится лишь к священникам и что он будет волен, если не пожелает, не принимать впоследствии сана, Доджсон был рукоположен в диаконы. Диакон (deacon) в Крайст Чёрч был младшим священником, он мог при желании читать проповеди, помогать во время службы, но не вел работы с прихожанами. Изменение университетского устава в 1866 году избавило Доджсона от необходимости дальнейших решений. Он участвовал во всех ученых и церковных делах Крайст Чёрч; проповеди читал редко и предпочтительно детям.
Доджсон посвятил себя математике. Долгое время считалось, что он был весьма посредственным математиком. Однако в последние годы это мнение подверглось пересмотру. Вот что говорит об этом американский математик, профессор Франсин Эйбелиз, подготовившая к изданию том его математических работ: «Работая над математическими статьями Кэрролла, я обнаружила, что, вопреки распространенному у нас мнению, он был серьезным и самобытным математиком. Однако ему не повезло. Для своих студентов он написал книгу — „Эвклид и его современные соперники“, — которая приобрела печальную известность. Но судить о нем как о математике надо не по этой книге, а по его оригинальным трудам, где он рассматривал проблемы, которые его действительно интересовали. Такова работа о квадратуре круга, где он предлагает очень интересный тригонометрический способ рассмотрения этой задачи, причем делает это в эпоху, когда никто и не помышлял о компьютерах. В целом надо сказать, что он подошел вплотную к трудам, подготовившим появление компьютеров. Его методы всегда computer-friendly, т. е. позволяют легко написать алгоритм, который можно использовать в компьютере. Это особенно хорошо видно на сохранившихся страницах его заметок „Регистрация корреспонденции“, которую он предлагал опубликовать как приложение к своей работе „Восемь или девять слов о том, как писать письма“. Но, конечно, он был в первую очередь логиком, что чувствуется и в его литературных сочинениях. „Логические игры“, „Математические курьезы“, „Символическая логика“, вышедшие в последние годы его жизни, привлекают пристальное внимание современных логиков, математиков и физиков, считающих, что „сумасшедшая“ логика Кэрролла во многом напоминает диалектическую логику современного научного исследования, подчас столь причудливую, что она кажется непостижимой и столь противоречивой, что способна повергнуть в отчаяние не только человека далекого от науки, но и самого исследователя». Профессиональные логики, изучавшие логические труды Доджсона, отмечают, что он работал в той области, которая подготовила появление современной математической логики. Для нас здесь важно отметить, что литературные произведения Кэрролла несут несомненный отпечаток его нетривиальных занятий логикой.