Раскопкам предшествовало томительное ожидание разрешения на их проведение. Когда же в апреле 1870 года работы в конце концов начались, стало ясно, что перед Шлиманом стоит очень нелёгкая задача: чтобы добраться до руин «гомеровской» Трои, ему предстояло пробиться через несколько культурных слоёв, относящихся к разным временам, — Гиссарлыкский холм, как, оказалось, был настоящим «слоёным пирогом». Уже много лет спустя было установлено, что всего на Гиссарлыке имеется девять обширных напластований, вобравших в себя около 50 фаз существования поселений различных эпох. Самые ранние из них относятся к III тысячелетию до н. э., а самые поздние — к 540 году н. э. Но, как и у всякого одержимого искателя, у Шлимана не хватало терпения. Если бы он вёл раскопки постепенно, освобождая пласт за пластом, открытие «гомеровской» Трои отодвинулось бы на много лет. Он же хотел добраться до города царя Приама немедленно, и в этой спешке он снёс культурные слои, лежащие над ним, и сильно разрушил слои нижние — по этому поводу он сожалел потом всю жизнь, а учёный мир так и не смог простить ему этой ошибки.
Наконец, перед глазами Шлимана предстали остатки огромных ворот и крепостных стен, опалённых сильнейшим пожаром. Несомненно, решил Шлиман, что это — остатки дворца Приама, разрушенного ахейцами. Миф обрёл плоть: перед взором археолога лежали руины священной Трои…
Впоследствии оказалось, что Шлиман ошибся: город Приама лежал выше того, который он принял за Трою. Но подлинную Трою, хоть и сильно попортив её, он всё же откопал, сам не ведая того, — подобно Колумбу, не знавшему, что он открыл Америку.
Как показали новейшие исследования, на Гиссарлыкском холме находилось девять различных «Трой». Самый верхний слой, разрушенный Шлиманом — Троя IX, — представлял собой остатки города римской эпохи, известного под именем Новый Илион, существовавшего, по крайней мере, до IV века н. э. Ниже лежала Троя VIII — греческий город Илион (Ила), заселённый около 1000 года до н. э. и разрушенный в 84 году до н. э. римским полководцем Флавием Фимбрием. Этот город славился своим храмом Афины Илийской, или Афины Троянской, который посещали многие знаменитые люди древности, в том числе Александр Македонский и Ксеркс.
Троя VII, существовавшая около восьмисот лет, была довольно незначительным посёлком. Зато Троя VI (1800–1240 гг. до н. э.) скорее всего и являлась городом царя Приама. Но Шлиман буквально пронёсся сквозь него, стремясь докопаться до следующих слоёв, так как был убеждён, что его цель располагается гораздо глубже. В результате он сильно повредил Трою VI, но наткнулся на обгорелые руины Трои V — города, погибшего в огне пожара приблизительно в 1800 году до н. э. Под ним лежали слои Трои IV (2050–1900 гг. до н. э.) и Трои III (2200–2050 гг. до н. э.) — сравнительно бедных поселений бронзового века. Зато Троя II (2600–2200 гг. до н. э.) была очень значительным центром. Именно здесь в мае 1873 года Шлиман сделал своё самое важное открытие…