14 мая 1956 г. Правительство СССР приняло постановление о дополнительном сокращении Вооруженных сил. В ВМФ около шестисот кораблей подлежали консервации и утилизации, сокращалось количество высших военно- морских училищ. В частности, предлагалось из 12 имевшихся училищ ВМФ оставить только пять, но Главный штаб ВМФ проявил настойчивость и доказал необходимость иметь не менее девяти перепрофилированных училищ. Не исключено, что отстаивая свои училища, командование ВМФ согласилось на ликвидацию ВМАУЗ, готовивших лётный состав авиации ВМФ.
Сравнение аварийности в ВВС и авиации ВМФ показывало, что по налёту на одно лётное происшествие последняя имеет не худшие показатели, хотя и эксплуатирует самолёты в значительно более сложных, чем ВВС, условиях, учитывая близость морей.
Методика обучения лётного состава постоянно совершенствовалась, качество его постоянно повышалось, и особых претензий по этому поводу также не возникало. Поэтому, когда под предлогом борьбы с аварийностью ВВС стали вынашивать идею создания единой системы подготовки лётного состава, то скорее всего они преследовали другие, далеко идущие цели: укрупнение ВВС за счёт если и не ликвидации, то сокращения морской авиации как рода сил ВМФ.
Кроме лётных училищ ВВС претендовало и на учебные заведения, которые готовили специалистов других профилей. При этом заверений, что подготовка будет производиться с учётом особенностей и предназначения авиации видов вооружённых сил, хватало. И командованию ВВС удалось реализовать свои притязания.
10 июня 1956 г. вышел приказ, подписанный Министром обороны СССР маршалом Г.К. Жуковым. В конце июля в штаб авиации ВМФ пришла выписка, в которой говорилось о том, что Главкому ВМФ до 1 августа 1956 г. передать, а главкому ВВС принять в состав ВВС военно-морские учебные заведения по прилагаемому списку: Военно-Морское авиационное училище в г. Ейск, 93-е Военно-Морское авиационное училище в пос. Лебяжье ЛенВО; Военно-Морские авиационные училища в г. Камышин и Выборг; Военно-Морские авиационно-технические училища в г. Пермь и Новоград-Волынск; Военно-Морское авиационно- техническое училище связи в г. Рига.
Центральные лётно-тактические курсы усовершенствования офицерского состава (г. Рига) и Военно-Морское минно-торпедное авиационное училище (г. Николаев) в состав ВВС тогда не передавались.
На базе ВММТАУ (г. Николаев) в 1959 г. предлагалось организовать учебный центр авиации ВМФ по переподготовке экипажей бомбардировщиков (лётчиков и штурманов), которые будут поступать из военно-учебных заведений ВВС на комплектование минно-торпедной авиации. До 1959 г. в ВММТАУ должны были продолжать подготовку лётчиков и штурманов минно-торпедной авиации.