Некоторые ВВС флотов действительно направляли сюда лучших, а другие, наоборот, постарались избавиться от неугодных. Больший вред приносили "гастролёры" – представители различных управлений и отделов штаба авиации, назначенные на руководящие должности, но работавшие в Москве.
Научно-исследовательские отделы, должны были в какой-то мере восполнить утраченный научный потенциал вследствие передачи НИИ № 15 ВМФ в состав ВВС, хотя последний, переименованный в филиал ЦНИИ № 30 ВВС, фактически работал в интересах морской авиации.
Несмотря на то, что у руководителей училища имелись время, силы и средства для подготовки помещений с тем, чтобы научно-исследовательские отделы без промедления приступили к работе, ничего в этом направлении сделано не было. В течение нескольких месяцев пришлось размещаться в случайных, неприспособленных помещениях, благо, что обучение слушателей высших офицерских классов началось только 1961 г.
Работа начиналась в сложных условиях, соответствующими навыками, учебно-методической литературой и лабораториями бывшее училище не располагало. И громадная заслуга полковника М.Е. Литвина, который не пришёлся ко двору чванливым адмиралам, руководившим ленинградской Военно-Морской академией, был направлен в Николаев и возглавил научно-исследовательские отделы.
Доктор Военно-морских наук, профессор, человек исключительной эрудиции, способный разобраться с любой проблемой и найти выход из затруднительного положения, оказать помощь и поддержку безусловно оказался даром свыше для только что образованного центра. Прекрасный организатор, он много времени затратил на то, чтобы научить методике планирования и проведения исследований, их оформлению и другим мелочам, о которых многие не имели понятия. Он буквально запустил работу НИО, включая редакционно-издательский отдел, лабораторию, фотокиностудию и другие подразделения.
Рекомендации, курсы боевой подготовки и другие издания первых лет не отличались оригинальностью, носили компилятивный характер. Во избежание недоразумений и сокращения количества критических замечаний многие разработки по тактике именовались "основами боевого применения", что до некоторой степени исключало возможность обвинения в недостаточной компетентности и неполного раскрытия излагаемого вопроса. Существенную помощь частям кроме рекомендаций принесли учебные кинофильмы. Организация центра постоянно совершенствовалась в соответствии с изменением задач, выполняемых морской авиацией.
На первой стадии преподаватели цикла авиационной техники учебного отдела занимались теоретическим переучиванием личного состава на самолётах Ту-16 и вертолётах Ми-4М с последующим освоением лётной программы в частях центра.