Не успели рабочие расчистить палаты на половину высоты, как вмешался архитектор М. Н. Литвинов, наблюдавший за работами. Он нашел своды нижних палат весьма поврежденными и запретил раскопки в них.
К рассказу о Троицкой башне надо добавить следующее. В фонде И. Е. Бондаренко, находящемся в РГАЛИ, есть документ, где упоминается о том, что после обстрела Кремля в 1918 году архитектор дворцового управления Н. В. Марковников, обеспокоенный судьбой памятников зодчества, пробрался тайно в Кремль по особому проходу под Троицкими воротами. Вероятно, Марковников воспользовался галереей, устроенной Н. С. Щербатовым в 1894 году. По ней он прошел в палаты под Троицкой башней, а затем по внутристенной лестнице поднялся в Кремль.
О тайниках Комендантской и Оружейной башен, как и об устройстве их подземных частей, сведений не найдено. А вот о подземельях Боровицкой башни можно рассказать немало. Эту башню вместе с двумя отводными стрельницами построил Пьетро Солари в 1490 году. «Нижний массив Боровицкой башни состоит из помещения с готическим сводом, занятого подвалом, часовней и церковью. Толща восточной и северной стен прорезана лестницами и коридорами. В юго-восточном углу башни проделана каменная винтовая лестница для прохода на 5-й этаж. […] В верхушку башни ведет очень узкая каменная лесенка, проделанная в толще стен», — писал С. П. Бартенев.
Под сохранившейся отводной стрельницей Боровицкой башни существует подземелье, в которое в 1866 году при прокладке газовых труб было засыпано землей по причине провала свода. Из башни входа в это подземелье не было. Щербатов, заложив траншею со стороны Александровского сада, наткнулся на кирпичную стену, пробил ее и попал в тоннель, идущий под Боровицкими воротами. Из тоннеля шел узкий проход, через который археологи проникли в высокую (около 11 метров) и длинную (почти 8 метров) палату. расположенную под правым выступом Боровицкой башни. В прошлом эта палата имела три этажа, в самом ее верху виднелись заложенные окна-амбразуры. Помещение на 3 метра заполняла земля, на расчистку ее ушло три недели. Все это время археологи искали вход в найденную палату со стороны Кремля. Поиски увенчались успехом. Вот что писала об этом газета «Московские ведомости»: «В Боровицкой башне имеется часовня, которая помещается в центре со стороны Императорской площади (34). Вход в церковь Иоанна Предтечи (35) идет чрез часовню и поднимается по лестнице выше. Перед часовней устроен шатер на каменных столбах. Влево от входа в часовню находится дверь, скрывающая также вход в церковь, выходящий в алтарь ее. Здесь, под круглой лестницей, поднимающейся вверх, находится углубление аршина в два высотой. Вот из этого углубления стали сегодня пробивать стену вправо. Работа оказалась не напрасной, так как скоро удалось пробить кирпичи и обнаружить пустоту. Последняя составляла проход, идущий в стене к проезду и скоро поворачивающий под прямым углом налево, по направлению к открытой палате, и направо, по направлению к Императорской площади, где он заканчивается под ступеньками, ведущими в часовню… Теперь несомненно, что ход из палаты существовал прямо на Императорскую площадь и впоследствии, с устройством часовни, был заделан».