Изучение потайных палат показало, что расположены они… за пределами Кремля, и лишь задние палаты (верхняя и нижняя) слегка уходят под кремлевскую стену. Поражала глубина заложения палат-тайников — более 9 метров от поверхности земли. Естественно встал вопрос: каково же было назначение найденных палат?
И. Е. Забелин в «Истории города Москвы», говоря о тюрьмах, существовавших с середины XVI века у Ризположенских (Троицких) ворот, высказывал предположение, что нижние палаты, раскопанные Щербатовым, «представляли как бы каменные мешки (32), в которые никакого другого входа (кроме как у Потешного дворца. — Т.Б.) не имеется […] С левой стороны ворот у самой стены в XVII столетии находился дворцовой Судный приказ (33). К нему-то или от него внутри стены и существовала упомянутая лестница, впоследствии закладенная, когда и сами тюрьмы были оставлены».
Забелин утверждал, что выход из палат был один, к Судному приказу. Но ведь кроме тоннеля с белокаменной лестницей существовало еще и его замурованное ответвление. Куда же вела эта таинственная галерея? Ответа на этот вопрос в газетных публикациях 1894 года нет.
Когда палаты были обнаружены впервые в 1852 году, президент Московской дворцовой конторы в рапорте министру двора писал: «Кроме найденной трубы, соединяющей подвалы, в стенках сих подвалов открылись таковые же проходы или малые коридоры […] шириною до 1,5 аршина и вышиною до 2 аршин, которые прежде, вероятно, выходили в бывший около стены кремлевский ров, что ныне кремлевские сады, и служили, как должно полагать, средством для вылазок при бывших осадах Кремля; сделанные же неизвестно когда облицовки цоколей означенные трубы заложили».
В Описи порух и ветхостей 1646–1647 годов автор книги отыскала следующее упоминание о тайнике Троицкой башни: «Под Знаменские (Троицкие. — Т.Б.) вороты сход к слуху засорен от стрелецкие караульные избы и пройтить в слух нельзя». Не подлежит сомнению, что дозорщики именовали «слухом» палаты, которые в 1894 году обследовал Н. С. Щербатов. В начале XVI века эти тайники наверняка собирались использовать при обороне Кремля для подслушивания подкопов и, быть может, совершения вылазок, а позже их превратили в тюрьмы.
Н. С. Щербатов был уверен, что из нижней задней палаты должен существовать лаз в тайник, идущий внутри кремлевской стены к Угловой Арсенальной башне. Он начал расчищать палаты, заваленные мусором и землей. Земля подымалась в бадьях, пересыпалась в мешки и выносилась в Александровский сад. Тогда в одной из палат нашли две человеческие кости со следами ударов острым орудием, обломок меча, осколки изразцов и пр. Интересная находка ожидала археологов в передней нижней палате. «Еще при первых осмотрах палаты, после открытия ее, исследователями было обращено внимание на имеющуюся небольшую брешь в стене, обращенной к Кремлю. С выемкой земли около стены размеры бреши продолжали увеличиваться, и в настоящее время оказывается, что она пробита внутрь не особенно глубоко, по стене же идет аршинов на 5 в ширину; что же касается протяжения ее вниз по стене, то это может выясниться только при окончательной очистке стены от земли до пола; теперь же протяжение бреши сверху вниз равняется приблизительно 2 аршинам. Зачем пробивалась брешь в стене — трудно сказать. А для разных предположений здесь открывается широкое поле. Может быть, в старину производились исследования кремлевских тайников, как это делается теперь», — сообщала газета «Московские ведомости».