Подземные ходы, обнаруженные членами комиссии, датировались XVI–XVIII веками. Эти тайники имели обшивку из теса или массивных бревен, порой стенки ходов были выложены из белого камня или красного кирпича. В одни тайные ходы попадали из подвалов, в другие проникали по лестницам, устроенным в стенах палат и башен. Многие ходы заполняла вода и удушливый газ, иные почти целиком заплыли песком и илом. Одни галереи были перерезаны фундаментами зданий, другие имели завалы…
В последующие годы поиски тайников в Москве продолжались, но все чаще члены комиссии (в основном И. Я. Стеллецкий) выезжали в другие города для осмотра найденных там подземных сооружений древности. Это позволило изучить слухи под псковской крепостной стеной, ход из замка Плеттенберга в Риге, загадочные подземные палаты со множеством человеческих черепов в Торжке и др.
В то же время комиссия собирала сведения о памятниках подземной старины со всех концов Российской империи. Эти материалы должны были войти в сборник «Подземная Россия» (издать его не удалось). В 1916 году с отъездом Стеллецкого на Кавказский фронт комиссия прекратила свое существование.
Сразу после октябрьской революции, когда Игнатий Яковлевич находился на Украине, его квартира в Хамовниках была реквизирована, а архив с документами Комиссии по изучению подземной старины вывезен неизвестно куда. Вернувшись в столицу в конце 1923 года, Стеллецкий задумал восстановить хотя бы часть пропавших документов и обратился в ГПУ (25) с просьбой разрешить ему продолжать изучение тайников. В ответ археологу сказали: «В Кремль мы вас не пустим, а вся Москва — ваша». Но последнее не соответствовало действительности. Здания, занятые правительственными учреждениями, военными организациями, банками, да и ряд жилых домов оказались недоступны для исследователя. И все же ему удалось найти подземные галереи под Сухаревой башней, домом Брюса (26), во дворе дома Юсупова. В 1920-е годы археолог часто получал информацию о тайниках от А.М.Васнецова, Н.Д.Виноградова, М.И.Александровского и других членов комиссии «Старая Москва». На заседаниях этой комиссии Игнатий Яковлевич не раз выступал с докладами, посвященными истории московских подземелий и ходов, за что был удостоен шутливого звания «воинствующего подземника», которому «даже моста старый свод мерещит в землю тайный ход».
В 1933 году при Московском отделении Государственной академии истории материальной культуры имени Н. Я. Марра создается Комиссия по строительству метрополитена. Одной из задач комиссии было изучение памятников подземной старины, встреченных на пути трасс метро. Стеллецкий получил пропуск, дававший ему право посещения тех шахт метро, где велись земляные работы. В этом же году в московских газетах появились статьи, авторы которых утверждали: строительство метрополитена доказало, что подземная Москва — миф. В защиту «мифа» выступал один Стеллецкий. «Стремительные темпы ведения работ метро устраняют возможность тщательного и кропотливого исследования встреченных сооружений древности […] Натыкавшиеся на них рабочие не отдавали себе отчета в их научной ценности и значимости и потому никому вовремя не давали знать о таких открытиях, как не заслуживающих, по их мнению, внимания. На упрек, обращенный к рабочим на местах, всегда следовал один ответ: нам никто не сказал. что это интересно или нужно. […] На территории грандиозного Дома Совнаркома (27) проходил подземный ход, начало которого было открыто мною в доме В. В. Голицына (28). При работах по закладке шахты были обнаружены две параллельные стены какого-то тоннеля из массивных дубовых бревен. Управление метро охотно выделило рабсилу для раскопок. На пути, однако, встали выемки строительства. Интересы последнего, конечно, были превыше всего, и работы по раскопкам были прекращены», — писал археолог редактору журнала «Вестник знаний». При поддержке начальника Управления государственного строительства по сооружению метрополитена П. П. Ротерта Стеллецкий подготовил инструкцию для рабочих и план создания музея «Подземная Москва». Поскольку Метрострой не имел лишних помещений, все экспонаты музея разместились в небольшой квартире Игнатия Яковлевича на улице Герцена. После смерти Стеллецкого в 1949 году его вдова бережно хранила эту коллекцию, а в начале 1960-х годов передала ее в один из павильонов ВДНХ, дальнейшая судьба экспонатов неизвестна.