Неоднократно археолог обращался в разные организации, ставя вопрос об использовании подземных сооружений древности и ссылаясь при этом на опыт Парижа, Рима, Лондона: «Везде и всюду подземелья временем и людьми приведены в состояние если не полного, то очень большого разрушения. Общей участи не избежал и Кремль, и потому нельзя обольщать себя мыслью, что достаточно открыть один ход и по нему уже легко пройти подо всем Кремлем, если не подо всей Москвой. В действительности, путешествие по подземной Москве — скачка с препятствиями, притом весьма существенными, устранение которых потребует больших усилий, времени и средств. Но все это ничто в сравнении с возможным идеальным результатом: очищенная, реставрированная и освещенная дуговыми фонарями подземная Москва явила бы из себя подземный музей научного и любого интереса…» Это, да и другие обращения И. Я. Стеллецкого остались без ответа.
В 1930-е годы Игнатий Яковлевич публикует статьи о подземной Москве. Эти красочные рассказы строились как на основе фактических данных, так и на основе версий автора. Как правило, из редакции любой газеты статья попадала в НКВД, куда приглашали Стеллецкого. После обсуждения статьи нередко в ней оставались только сказочные версии. Однако Стеллецкий был согласен на появление в печати даже таких материалов. Он верил, что публикации привлекут внимание власть имущих к подземной Москве и археологи смогут осуществить раскопки тайников. Да, тайными ходами заинтересовались… опять-таки сотрудники НКВД, которые попросили Игнатия Яковлевича составить план подземной Москвы. Получив план, НКВД принялся замуровывать и засыпать подозрительные, с его точки зрения, подземные галереи и палаты. На публикацию же материалов Стеллецкого (в частности, о раскопках в подземелье Угловой Арсенальной башни) был наложен запрет. «Такие чувства остро переживал, пересматривая свои 10-летние бумаги о подземной Москве, собираясь писать очередную докладную записку П. П. Ротерту о подземной Москве с тем, конечно, чтобы она не была напечатана. Как никогда меня охватило раздражение, злость. С какой стати загублен мой научный век? Почему мне долгими годами зажимают рот и я ничего не могу напечатать о своих открытиях, которые, безусловно, наделали бы шум?!» — пишет он в дневнике. Стеллецкому оставалось надеяться только на то, что собранные им сведения пригодятся кому-либо в будущем. Из докладной записки археолога в НКВД известно, что к началу 1940-х годов он имел описательный и иллюстративный материал на 200 подземных точек столицы. Сюда входили подземелья-слухи и погреба с замурованными арками, заброшенные каменоломни и засыпанные колодцы, подземные ходы и старинные водостоки. Еще 150 объектов Игнатий Яковлевич предполагал обследовать. В настоящее время в фонде И. Я. Стеллецкого. хранящемся в Российском государственном архиве литературы и искусства (РГАЛИ), имеется лишь незначительная часть указанных материалов. Это короткие записки, состоящие обычно из нескольких строк. Подробные описания, фотографии и планы подземных сооружений в РГАЛИ не поступали. Они исчезли так же бесследно, как и архив Комиссии по изучению подземной старины в 1919 году…