В правление Ивана Грозного место по горе от Архангельского собора к Спасским воротам занимали приказы (Посольский, Поместный, Разбойный и др.). В 1675 году на их основе возвели здания новых приказов, по площади вдвое больше старых. Они были разобраны в 1770 году, когда в Кремле собрались строить дворец по проекту Баженова. Где-то в подземельях этих приказов имелась потайная комната с сокровищами царя Алексея Михайловича, показанная Петру I боярином И. Б. Прозоровским. По сообщениям московских газет, в 1894 году при закладке памятника императору Александру II (76) раскопали обширные погреба приказов и старинный подземный ход. Думается, за подземный ход была принята «труба» (сточный канал), открытая И. Е. Забелиным. Последний на основании архивных источников и данных археологических раскопок установил, что в XIV столетии вдоль восточной стены Кремля проходил ров, превратившийся двести лет спустя в «трубу», по которой в Москву-реку выводились сточные и дождевые воды. «Труба», как уже говорилось, брала начало на дворе боярина Ф. И. Мстиславского (тот прилегал к северной стороне приказов XVII века) и выходила за пределы Кремля где-то между Второй Безымянной и Петровской башнями. В Описи 1667 года о ней говорилось: «Да от той Свирловы башни (77) на прясле в стене церковная служба Петра Митрополита (78) и подле службы в кружале, внизу зачата делать труба, воде спуск, и та труба не доделана. И в том проломе людям проход».
И. Е. Забелин относит сооружение «трубы» к XVII веку, так как первое упоминание о ней найдено в Описи 1667 года. Однако более вероятно, что эта, да и другие сточные «трубы» были построены итальянцами в конце XV — начале XVI века. В противном случае дождевые, талые и иные воды скапливались бы в низинах у стен Кремля, подтачивая и разрушая их. Во второй половине XVII века производился ремонт сточных каналов. Известно, что в 1663 году «трубу», ведущую со двора Н. И. Одоевского (он находился у Средней Арсенальной башни) к реке Неглинной, было приказано устроить «новыми слуками (сводами. — Т.Б.) каменных дел подмастерью, чтобы из нее воды и грязи и вони и никакого дурна в Аптекарском саду (79) не было». В 1683 году починке подлежала «проводная труба» с Сытного двора. Мастерам поручалось «каменные своды сделать вновь, потому что та труба завалилась, и землю из трубы вычистить[…]».
При сооружении кремлевской стены «Фрязины» позаботились и о дренаже. В 1894 году в прясле стены между Боровицкой и Оружейной башнями обнаружили большой арочный пролет, под которым не было фундамента. Щербатов начал расчищать его от земли и нашел толстые бревна, уложенные друг на друга и преграждавшие вход в Кремль. На 5-м метре пролет выводил к Конюшенному двору. Исследователь пришел к выводу, что пролет устроили для стока почвенных вод на месте глубокого оврага, спускавшегося к реке Неглинной.