По сей день остается неясным, что же представляло собой это подземное сооружение: гигантский тоннель или погреб? С восточной стороны его перерезала стена дома Чудова монастыря, построенного позже XVI века. С западной стороны поперечная стена также не была обнаружена, то есть сооружение уходило по направлению к Троицким воротам. В газетных публикациях говорилось о настиле из толстых досок, однако не указывалось, прикрывал ли он свод полностью или же только в месте провала. Располагайся настил там, где был провал, это означало бы, что его сделали при прокладке водопроводной трубы в середине XIX века или при провале, случившемся ранее 1882 года. Если же настил тянулся над всем сводом, значит, он был устроен зодчими, пытавшимися обезопасить свод от повреждения. Следовательно, подземное сооружение находилось вне зданий (под двором, улицей и пр.). Из-за спешной засыпки подземелья-галереи не удалось установить, какой постройке принадлежала стена, примыкавшая к его северной стороне.
В 1911 году старослужащий Кремля рассказал И. Я. Стеллецкому забытое предание о бегстве Бориса Годунова по подземному ходу куда-то в Охотный ряд. Случилось это якобы в 1586 году, когда москвичи, настроенные боярами Шуйскими против Бориса, ворвались в Кремль и потребовали его выдачи. У Забелина в «Истории города Москвы» Стеллецкий отыскал упоминание о том, что Годунов, перебравшись в царский дворец, «оставил свой двор пустым, не отдавая его никому, не находя достойного жить в нем». Археолог попытался связать это решение Годунова с подземными тайнами его двора и высказал версию: «труба», обнаруженная провалом, была ходом для бегства.
Существование тайника из палат Бориса Годунова вполне допустимо (75), но имело ли смысл строить тайный ход подобных размеров? А может быть, назначение «трубы» не было столь загадочно, как чудилось многим? Описывая Цареборисов двор, тот же И. Е. Забелин отмечал: «На чертеже Годунова показаны два громадных высоких здания в несколько ярусов вышиною». Такие хоромы, без сомнения, имели и внушительные (возможно, двухэтажные) подземелья, служившие для хранения продовольствия, вина, угля и т. п. В какое-то время эти кладовые стали тесны, и Годунов устроил новые погреба под стать уже имеющимся, но разместил их под двором. В XVII столетии за счет государевых и боярских пожертвований территория Чудова монастыря расширилась. Тогда ему могли отойти и какие-то владения Годунова вместе с частью «трубы», которую отгородили стеной. Для каких нужд пригодилась монахам «труба» — неизвестно. А вот подземелья Цареборисова двора продолжали использовать в хозяйственных целях и его последующие владельцы. В 1626 году, например, тут располагались патриаршие капустные погреба.