Ориген нашел убежище в Кесарии Палестинской и проповедовал там в церквах по просьбе епископов Иерусалима и Кесарии. Поскольку он был мирянином, епископ Деметрий счел это нарушением церковной дисциплины. Его отозвали в Александрию, где он снова возглавил школу.
В 230 г. Ориген предпринял путешествие в Грецию по церковным делам. По дороге он остановился в Кесарии, где был рукоположен во пресвитера все теми же дружественными епископами, которые приглашали его проповедовать еще тогда, когда он впервые побывал в этих местах. Когда Деметрий узнал об этом, он обиделся и, по возвращении Оригена, отстранил его от преподавания, а также отлучил от причастия в Александрийской церкви на том основании, что его неправильно рукоположили.
Ориген снова переехал в Кесарию, где открыл новую библейско-богословскую школу, которая вскоре затмила александрийскую. Здесь он продолжил свою литературную деятельность, почти ежедневно проповедуя, растолковывая смысл Писания. В 250 г., во время гонений Деция, его схватили, подвергли жестоким пыткам и приговорили к сожжению. Хотя перед самой казнью он был помилован императорским указом, в 253 или 254 г. он умер, возможно — вследствие перенесенных мучений.
Ориген был настоящим ученым-библеистом. Кроме эпохальной работы по текстологическому изучению Ветхого Завета (Гексаплы), известно, что он составил комментарий ко всем библейским книгам, причем комментарий состоял из трех частей. Во-первых, он написал краткие аннотации (схолии), во-вторых, составил пространный и глубокий комментарий, в-третьих, проповедовал в собраниях. До нас дошла только малая часть его трудов, но и это целые тома. Не менее важна и та часть его наследия, которая связана с Новым Заветом. Изрядно попутешествовав, он получил возможность наблюдать церковные обычаи не только в Египте и Палестине, но и в Аравии, Малой Азии, Греции и Риме.
У Оригена мы находим деление новозаветных книг на две части: Евангелие (или Евангелия) и Апостол (или Апостолы), подобно тому, как бывало и до него. Однако теперь он объединяет их под общим названием “Новый Завет” и утверждает, что это — “божественные Писания”, написанные евангелистами и апостолами, а они водимы тем же Духом, исходящим от того же самого Бога, Который открывался в Ветхом Завете (Deprincip. 4, 11 и 16).
Свидетельство Оригена прямо и откровенно: нужно отличать Евангелия, бесспорно принимаемые всей Церковью, от евангелий еретических. В комментарии на Матфея, созданном незадолго до смерти (после 244 г.), он утверждал, что только Евангелия, написанные Матфеем, Марком, Лукой и Иоанном, “непререкаемы () в Церкви Божьей под небесами”