Дальнейшая история Новгорода состоит из ряда поражений и бедствий. После бурного обсуждения в 1471 г. вече отклонило притязания Москвы и пригласило на правление князя Литвы Казимира IV. Иван III послал карателей. Москва и примкнувший к ней завистливый, беспринципный, но прагматичный Псков разбили ополчение города. К слову сказать, в состав многочисленного войска Москвы входила доблестная татарская конница, против которой легендарные ушкуйники ничего поделать не смогли.
Но в городе все еще действовала пролитовская партия семьи Борецких, а вече не разорвало связей с Литвой. И в 1478 г. князь Москвы послал туда новое войско, которое, захватив город, демонстративно «вырвало язык» у вечевого колокола и вместе с легендарной посадницей Марфой Борецкой увезло его в Москву. Новгороду пришлось принести присягу на верность матушке Москве, и донос стал обязателен. В следующем году подозреваемых граждан казнили, а тысячи семейств отправили в земли Москвы.
В это же время один из степных полководцев — хан Ахмат, собрав в низовьях Волги остатки Золотой Орды, попытался обложить Москву данью. В 1480 г. Ахмат заключил союз с Литвой и заручился помощью братьев Ивана III Андрея и Бориса. Царь же пошел на союз с ханом Крыма, угрожавшим теперь Ахмату с тыла. Войско Ахмата двинулось вверх по реке Угре, притоку Оки. После неудачной попытки пересечь реку татары стали грабить окрестности. Не дождавшись помощи от Литвы и Бориса с Андреем, они ушли обратно в степь.
Несмотря на то что татары еще 3 века грабили, никогда более они не угрожали суверенитету Москвы. Поэтому историки часто считают эту несостоявшуюся битву как прекращение власти монголов над Русью, так как ни одно из степных государств — наследников Орды — уже не имело достаточно сил для сбора дани.[4]
Отразив угрозу с юга, Иван III вновь занялся Новгородом, в 1494 г. закрыл немецкий двор. В 1497 г. казни возобновились, опять осудили на изгнание более 1000 семей, конфисковав свыше миллиона гектаров земли, отданной холопам за верную службу.
Но даже после уничтожения самоуправления в Новгороде некоторое время теплилась духовная жизнь в виде православных ересей на основе западных и еврейских религиозных течений. Однако уже в конце XV в. матушка Москва привела этот некогда богатый и независимый город если не к нищете, то к экономическому прозябанию.
После того как Москва разорила Новгород, лишив его приставки Великий, вместе с ним пришли в упадок окружающие его города. В их числе и Псков. Избавившись от давнего конкурента, он недолго сохранял свои вольности. В 1509–1510 гг. Василий III, захватив город, низвергнул его традиционную систему собраний. Вечевой колокол, некогда созывавший вольную общину у собора Святой Троицы, сняли и увезли в Москву. Из Пскова изгнали наиболее деятельных и богатых граждан. Сотни семейств высылались в другие города Москвы, их земли великий князь передал своим приближенным. Псков быстро утратил свое торговое значение и пришел в упадок. Развал и запустение воцарились на прежде многолюдных улицах.