Но после падения Византии в 1204 г. и Киева в 1240 г. торговый путь по Волге и Днепру потерял свое значение. Важнейшим оставался лишь западный, и новгородцы им пользовались. В центре города стоял шведский готский двор. Германия быстро богатела, покупая у новгородцев меха, золото и серебро. Ганза имела в городе свою территорию — Петергоф, с конюшнями, гостиницами, большими магазинами и складами. Торговля Новгорода шла через порты в Риге и Ревеле (Таллин). Дважды в год купцы отплывали из Ревеля к острову Котлин (место нынешнего Кронштадта), откуда все товары переносились на суда Новгорода. Этот караван охраняли новгородцы, а немцы Петергофа жили по своим законам и имели свою тюрьму.
Товары из Персии, Индии и Аравии перевозились по Каспию, затем шли по рекам Волжского бассейна до самого Новгорода. Хазары поставляли сюда же дорогие меха из древней Биармии.
Торговал Новгород и с Москвой, куда отправлялись рыба, звериные шкуры, жир и сало взамен хлеба, привозимого по Двине и Печоре.
В своих колониях на северо-востоке (в так называемых землях заволоцких), на берегах Белого моря и даже в Сибири Новгород стал центром ремесел, искусств, образования и духовности. «Кто против Бога и Великого Новгорода?» — гласила известная поговорка. Главная обязанность выбранных князей состояла в защите от врага внешнего. Вече с пристрастием следило за исполнительной властью. При малейшем проявлении недовольства новгородцы «кланялись князю и показывали путь», говоря: «Мы не хотим тебя! Ступай от нас добром, а не то прогоним тебя». Они могли и православного митрополита на телегу погрузить.
Однако положение этого экономически мощного, но политически слабого центра зависело от покровительства Золотой Орды. Монгольская смута XIV–XV вв. привела к падению статуса города. Спустя 50 лет после смерти Александра Невского, в начале XIV в., горожане отвергли титул князя Новгорода и признали суверенитет за внешним правителем, обычно князем Твери или Москвы. Распри бояр ослабили мощь города.
С ростом могущества Москвы и Литвы Новгород оказался перед выбором стратегического союзника. В отличие от православной Москвы, совсем недавно ставшая католической Литва предоставляла большие услуги для торговли и контакт с культурой Европы.
Во второй половине XV в. борьба между сторонниками Москвы и Литвы ожесточилась. Немногочисленным новгородцам пришлось защищаться против многолюдной и могущественной Москвы. Это стало следствием духовного конфликта, войны мировоззрений, так как тоталитарная, деспотичная Русь не могла более терпеть у себя под боком республику. Возглавил крестовый поход князь Иван III, и Новгород вскоре лишился своих северовосточных земель.