Полковник, убедившись, что население лояльно относится к новой власти, начал действовать, как у себя в имении, расставляя пограничные знаки, назначая и утверждая беков и т. п. Однако после ухода отряда китайцы и афганцы опять стали хозяйничать в долинах рек Аксу и Аличура. Это вынудило администрацию Туркестана вновь направить в 1892 г. на Памир отряд Ионова. Но этот отряд представлял собой уже довольно внушительную силу (3 сотни 6-го Оренбургского казачьего полка, 2 взвода Туркестанской конной горной батареи, команда саперов и телеграфного парка от Туркестанского саперного полубатальона, 2 сводные роты от 2-го Туркестанского линейного батальона, 2 роты охотничьих команд 2, 4, 7, 16, 18 и 20-го Туркестанских линейных батальонов).
Отряд выступил из Маргеллана 2 июня 1892 г. и 17 июня прибыл к озеру Ранг-Куль, где находились китайцы, бежавшие при приближении русских. 27 июня отряд стал на левом берегу реки Мургаб (Аксу), около слияния с ней реки Ак-Байтал (урочище Шаджан). Здесь пришли сведения об афганском посте у впадения реки Аличура в озеро Яшиль-Куль и о возможном нападении китайцев в случае движения отряда к озеру.
Поэтому Ионов выступил против афганцев, а капитан Скерский — против китайцев, заставив их очистить укрепление Ак-Таш, а Ионов, после рукопашной схватки 12 июля, уничтожил афганский пост у Сума-Таша. 25 июля Ионов выступил обратно на Мургаб (Аксу). Здесь, на месте прежнего бивака, он заложил укрепление, выслав капитана Скерского с полусотней для рекогносцировки отдаленных частей Памира, где снова появились китайцы. 25 августа Ионов выступил в Фергану, оставив в новом укреплении Шаджанский отряд (160 пехотинцев и 40 казаков) капитана Кузнецова, который успокоил китайцев и установил с ними дружеские отношения.
Зима 1892 г. прошла спокойно, но весной 1893 г. афганцы стянули войска к границам Бухары, в Шугнан и Рошан, собирая с местного населения дань. Для прекращения произвола и выяснения вопроса о продовольствии в Шугнан и Рошан откомандировали партию штабс-капитана Ванновского (2 офицера и 10 нижних чинов).
Затем, когда в июне 1894 г. афганцы вновь появились в Шугнане и Рошане, туда были направлены Ионовым две рекогносцировочные партии подполковника Юденича — по реке Гунту и капитана Скерского — по реке Шах-Даре до впадения обеих рек в реку Пяндж; в ту же сторону вышел разъезд капитана Александровича.
Шах-Даринский отряд (2 орудия, 20 казаков, 12 пехотинцев) 22 июля прибыл к границе Шугнана, где его радостно встретило население во главе с сыном правителя. Однако 28 июля у крепости Рош-Кала отряд обстреляли, и Скерский направил к крепости 2 партии. Афганцы очистили ее и отошли на 12 км от бивака. К афганцам постоянно прибывали подкрепления, почему Скерский, в свою очередь, обратился за помощью к капитану Эттингену (60 пехотинцев, 12 казаков, 32 ракеты, пулемет), высланному к озеру Сасык как резерв обеим партиям. 4 августа афганцы начали наступление, надеясь напасть врасплох, но, увидев отряд готовым к бою, отступили. На следующий день афганцы снова напали, но после нескольких залпов укрылись в ущелье. В этот день прибыло к отряду подкрепление — 30 пехотинцев и 3 казака. 7 августа афганцы начали обход левого фланга позиции, но отступили, благодаря высланному казачьему разъезду. Затем они атаковали, и перестрелка продолжалась до темноты. Но 9 августа афганцы внезапно отступили, несмотря на подошедшее накануне подкрепление, а 19-го ушли в Афганистан. 20 августа прибыл с подкреплением Ионов и вскоре двинулся со всем отрядом на соединение с Юденичем, задержанным афганцами до 19-го у села Ривак. С 30 сентября русские начали возвращаться в Фергану, оставив в Шаджане отряд Скерского.