Между тем британцы, пользуясь усилением своего влияния в Афганистане после войны 1878–1880 гг., начали подстрекать афганского эмира к захвату ханств Шугнана и Вахана, получивших, с падением Коканда, независимость. Одновременно англичане стали высылать сюда под видом научных экспедиций разведчиков и посланцев к правителям памирских ханств.
Однако и русский Генеральный штаб также стал посылать туда своих офицеров (экспедиция капитана Громбчевского в 1888–1890 гг.). Примеру англичан последовали китайцы, выставившие свои посты в долинах озер Ранг-Куль и Яшиль-Куль. Прибывшие затем афганцы оттеснили китайцев к Ранг-Кулю.
Затем в 1890 г. в Кашгар прибыла из Индии английская миссия — официально для учреждения в этом городе консульства, но на самом деле, для переговоров с Китаем о разделе Памира. Учитывая это, России пришлось действовать более решительно.
Для фактического занятия Памира 2 июня 1891 г. выступил из Маргелана небольшой отряд полковника Ионова, состоявший из команд 2, 7, 15, 16 и 18-го Туркестанских линейных батальонов и 24 станичников 6-го Оренбургского казачьего полка (всего 8 офицеров и 114 рядовых). Перед Ионовым стояла трудная задача: избегая столкновений, прекратить хозяйничанье афганцев и китайцев на Памире, указав на его принадлежность России, и произвести геодезическую съемку.
Преодолев с неимоверным трудом перевал Тенгиз-Бай, отряд двинулся правым берегом Кизил-Су и перешел ее вброд против урочища Бордаба. Отсюда он выступил 10 июля через деревню Кизыл-арт и подошел к реке Муз-Кол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником пошли на перевал Уз-Бель и озеро Ранг-Куль, а пехота с вьюками — на перевал Ак-Байтал.
Затем пехотинцы по реке Ак-Байтал вышли в долину реки Аксу, а оттуда в долину реки Адичура, где и оставались, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал местность в окрестностях Гиндукуша. От Ранг-Куля полковник направился по реке Аксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Кара-Чукура, вверх по этой реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик казаки арестовали английского лейтенанта Девинсона, отправленного под конвоем в Маргеллан, а у Базаигумбеза — английского капитана Юнгхесбенда, с которого взяли письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.
После этого полковник с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и обратно вернулся в долину Вахандарьи к селу Сархад через перевал Борогиль. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Харгош, в долине Аличура соединился с пехотой у озера Яшиль-Куль, откуда и двинулся в обратный путь в город Ош.