После Сунгари главным протоком нижнего Амура считалась река Уссури, которая только с 1860 г. стала частью России. Выбранная как граница между империями, она течет с юго-запада на северо-восток в продольной впадине, разделяющей два параллельных хребта Шань-Алинь и Сихотэ-Алинь. Долина Уссури служила военным и торговым путем, идущим с берегов Амура к южным портам русской Маньчжурии.
Уссури принимает это имя только в средней части своего бассейна, ниже впадения всех верхних притоков. Из них только один — река Сунгача выходит из так называемого «Средиземного моря», ибо таков смысл китайского Хань-кай, от которого пошло наименование обширного озера Ханка площадью 3400 кв. км. Глубина его, несмотря на громкое название, не превышает 10 м, но можно идти поперек озера на расстоянии 1 км, не находя более 30 см воды. Однако в период летних дождей, приносящих огромное количество воды в Нижний Амур, Ханка выходит из берегов и разливается на огромное пространство. В низменной равнине «Средиземное море» очень богато рыбой. В первые годы колонизации края и в реке Уссури рыба всякой породы водилась в изобилии, в особенности стерлядь, карпы и лососи. Переходя вброд потоки, которыми река сообщается с озером, в период нереста, путники просто руками ловили рыбу десятками. В некоторых местах рыба кишела так, что слышался глухой шум от её плавников. Озеро Ханка покрыто метровым льдом 5 месяцев. В бассейне Амура зимой термометр часто показывает минус 40 градусов, а в Нерчинском заводе нередко случались даже 45-градусные морозы. Зато летом жара там почти так же сильна. Эта часть Сибири, хотя она лежит на берегах Тихого океана, находится, однако, в области континентального климата.
Большая река Амгунь, спускающаяся с Бурейских гор, соединяясь с Амуром, образует нечто вроде внутренней дельты. Против этой дельты, недалеко от гиляцкой деревни Тыр, высятся на скале правого берега, три колонны — из мрамора, порфира и гранита, покрытые монгольскими надписями. Эти пограничные знаки Срединной империи в конце XIII — начале XIV вв. воздвигла династия Иоань. Но, по преданиям казаков, они обозначали предел завоеваний Александра Македонского, который «спрятал там свое оружие и оставил колокол».
Сразу же ниже утеса Тыр Амур изгибается к северо-востоку, затем к востоку и, наконец, изливается в мелководный лиман Татарского пролива. Все пространство от берегов континента до острова Сахалин занято подводными мелями, между которыми извиваются судоходные фарватеры, которые перемещаются после каждой бури. И лоцманам приходится каждый раз следовать с лотом в руках. Затруднения при входе, а также продолжительное замерзание льда, запирающее устье Амура 6 месяцев в году, затрудняли торговлю. Плавание в лабиринте низовьев Амура, малоизученном даже в XIX в., было довольно опасным. Так, во время одной бури более 40 барок, нагруженных хлебом, потонули на фарватере. Три четверти продовольствия для Николаевска и постов Уссурийского края поглотили волны.