Возвращение стало возможным только в 1854 г. Забайкальцы высадились на левый берег Амура и основали станицы. В 1857 г. сюда переселили 450 семей численностью 1850 человек, и 17 станиц заняли пространство свыше 1000 км от Стрелки до Хингана.
В 1858 г. из забайкальцев создано Амурское казачье войско. Поселения казаков заняли берега Амура и Уссури. В 1889 г. станицы и поселки на реке Уссури выделены в отдельное Уссурийское казачье войско, а Амурское войско пополнили 62 семьи забайкальских и 1052 семьи донских, кубанских и оренбургских казаков.
К 1903 г. амурцы насчитывали 30 000 душ обоего пола и 1000 иногородних. Кроме охраны границы, казаки из 7 станиц с их выселками выставляли конный полк, а из остальных трех станиц с их выселками — пеший полубатальон.
Земельные юрты состояли из пахотных, луговых и лесных угодий (по 40 десятин на казака). Однако земля не давала благополучия. При поголовной военной службе семьи не всегда могли обработать свой пай. Кроме того, часто приносили убытки разливы Амура и проливные летние дожди. Малоснежные и суровые зимы не позволяли сеять озимые, случался массовый падеж скота. Подспорьем в хозяйстве служили рыболовство, охота, содержание почтовых станций, заготовка дров для пароходов, а иногда добыча серебра и золота.
В 1913 г. войско насчитывало 49 000 человек обоего пола и проживало в 12 станицах, 69 хуторах и 15 выселках (970 000 десятин земли). Столицей являлся город Благовещенск. Управлял казаками военный губернатор Амурской области как наказной атаман.
В мирное время казаки комплектовали: гвардейский взвод, конный полк и Амурско-Уссурийскую казачью флотилию (пароход «Атаман», катер «Дозорный» и баржа «Лена»).
Амурцы прошли боевое крещение в Китае в 1900–1901 гг., прославились на Русско-японской войне 1904–1905 гг.
В Первую мировую войну войско выставило 4 конных полка, 5 особых сотен, конно-артиллерийскую батарею, гвардейский взвод — всего 5700 человек.
После падения самодержавия большая часть фронтовиков поддержала соввласть. Но в марте 1918 г. контрреволюционные амурцы свергли большевиков в Благовещенске. Но через неделю, после боя с революционными частями, им пришлось бежать в Китай. В начавшейся братоубийственной бойне значительная часть казаков сражалась в составе красных партизанских отрядов. В конце 1920 г. Амурское казачье войско ликвидировано.
Флот Амура
Становлению Петербурга на Дальнем Востоке во многом способствовала река Амур. Первоначальная казачья колонизация края шла исключительно по рекам: Амуру, Зеи и Уссури. И вплоть до XX в. они служили наиболее дешевыми, удобными, а часто и единственными путями сообщения. Даже при постройке Сибирской железной дороги по рекам Приамурья подвозили строительные материалы, а затем они стали своеобразными подъездными путями этой магистрали.