Захватив Казань, Москва стала продвигаться на восток. Мало-помалу воеводы прогнали с низовьев Волги всяких людей, в основном казаков. После этого одни из них поднялись на Север и прошли в Сибирь по Каме и её притокам. Другие отправились на своих стругах в Каспийское море и там пристали в устьях Яика. В 1580 г. эти станичники разрушили город ногаев Сарайчик, в котором издавна хранились товары генуэзцев.
С 1591 г. казаки Яика стали участвовать в военных походах Москвы. Это позднее и определило старшинство войска. Не признавая над собой посторонней власти, станичники, однако, вели войны именем царя Москвы, в 1601 г. даже захватили Хиву, удерживая город несколько дней, опередив, таким образом, более поздних русских завоевателей.
Не участвуя в Смуте 1605–1613 гг., казаки были лояльны к царю Михаилу Федоровичу. В 1613 г. они стали подданными Руси, а в 1615 г. царь пожаловал им грамоту на владение рекой Яик. В 1622 г. станичники, после опустошительного набега ногаев, покинули разоренные места и в 50 км ниже их основали укрепленный Яицкий городок.
В середине XVII в. Москва, для обуздания беспокойных казаков, построила близ главного устья Яика город Усть-Яицк, вскоре переименованный в Гурьев, по фамилии купца-рыбопромышленника.
В 1677–1678 гг. станичники добровольно участвовали в так называемых Чигиринских походах Москвы против турок, а в 1683 г. выступили против башкир.
Казаки всегда противились попыткам установить контроль над собой. По старинным обычаям, все дела решались на кругах. Все имели равные права.
Старшинам (атаманам, есаулам и др.) даже в позднее время не удалось добиться многих привилегий, которыми пользовалась казачья верхушка в других войсках. На Яике находили приют и поддержку многие староверы, бежавшие от гонений на Руси.
В 1670 г. станичники помогали мятежному атаману Разину. Но за это не понесли наказания — их простили. В 1677 г. Яик восстал против попытки Москвы вмешаться в традиционный уклад жизни. Атаман Василий Касимов начал воевать с посланными на усмирение войсками царя. Потерпев поражение, казаки ушли в море, пытались с боем прорваться в Персию, но были разбиты и захвачены в плен.