Русским же одинаково надоели и поляки, и казаки. Первые считались у них врагами, а вторые — «ворами». Ползли слухи о чудесах и призывы к покаянию. Одно из таких сказаний повлекло за собой официальный приказ из казачьих таборов — поститься 3 дня. И действительно, по всей стране «пост зачася», да такой усердный, что «многие младенцы помираху».
Московский патриарх не признал казачье правительство. Но Троицкий монастырь не только принимал от него защиту, но и сам помогал казакам словом и делом, рассылая грамоты с призывом помогать станичникам против ляхов и изменников, сидевших в Москве. Патриарх звал: «Сперва на казаков, потом на поляков!» Монахи же звали на поляков вместе с казаками.
После долгих споров станичники «порешили» допустить ополчение русских к Москве. Заруцкий увёл часть казаков под Астрахань, где думал основать независимую общину. С ним ушла царица Марина.
Трубецкой с остальными казаками начал переговоры с Пожарским. В это время на помощь сидевшим в Кремле полякам подошел гетман Хоткевич. Станичники предоставили русским самим отбиваться от его конницы, и в Кремль успел пройти польский обоз с провиантом. Но потом красноречивый монах Авраамий Палицын упросил казаков, они вступили в бой и принудили гетмана уйти обратно.
После этого станичники стали действовать заодно с войском Пожарского. В октябре 1612 г. его ополчение, при решающей поддержке казаков, отобрало, наконец, у поляков Кремль и заняло сожжённую дотла Москву.
Затем временное правительство Пожарского и представителя казаков Трубецкого предложило прислать в Москву выборных для «государева обирания».
В январе 1613 г. на Земский собор собрались бояре, духовенство и представители 50 городов. После долгих споров, наконец, согласились избрать кандидата станичников Михаила Федоровича Романова, сына митрополита Филарета. Его провозгласили царем и присягнули 21 февраля. Не присягали только казаки, как представители суверенной республики, хотя поляки в насмешку называли Михаила Федоровича «казачьим царем».
Смута закончилась, и между республиками казаков и московскими царями на 50 лет возобновилось традиционное взаимное благожелательство, еще более дружественное, чем при Иване Грозном.
По существу, станичники вмешались в дела соседнего государства, ослабленного междоусобицей, но, так как договорные отношения нарушил царь Борис, казаки в отместку участвовали в его низложении, поддержали двух самозванцев и, наконец, оказали давление на Земский собор при выборах царя Михаила Федоровича.