Пугачев выражал национальные чаяния казаков, из которых самым главным было, хотя бы и ценой крови, добыть себе возможность заняться свободным трудом и создать благосостояние обедневшим семьям. В отличие от атамана Ефремова, желавшего избавиться от русской опеки, Пугачев хотел «оказачить Россию», выступив защитником интересов всего ее угнетенного люда.
Он готовил восстание на Дону. Но русские правители предупредили это. Кругом стояли регулярные войска, часть старшин следила за настроениями казаков и доносила о них. Арестовали атамана Ефремова, и Пугачев, не рассчитывая на открытую поддержку донцов, ушел к казакам Яика, потому что знал об их готовности к восстанию. Здесь гнев народа раскалили постоянные ограничения казачьих прав и недавние жестокие расправы генерала Черепова. Возмущение подогревалось еще фанатичной преданностью гонимой старой вере.
На Яике Пугачев лишь выполнял волю угнетенных казаков. По совету ближайших соратников он окружил себя необходимой для успеха дымкой романтичной таинственности и выступил под личиной императора Петра III, свергнутого и убитого в дворцовом перевороте. Еще недавно казаки присягали этому царю, что в глазах народа не было пустой формальностью, и Пугачев этим пользовался. «Спасшегося чудом императора» поддержали не только яицкие казаки, в его рядах оказались десятки тысяч кайсаков, башкир, калмыков и русских. Началась война с фронтом от Камы до Нижней Волги.
Два года (1773–1774) войска России только оборонялись. В тылу у них восстали крестьяне, которым Пугачев обещал освобождение от помещиков. Станичники не раз громили русские полки, к Пугачеву переходили сотни донцов и казаков с Волги. Кроме малых городков и укреплений, повстанцы иногда владели Казанью, Пензой, Саратовом, Камышином. Крестьяне казнили своих помещиков или, приходя толпами к Пугачеву, прихватывали их с собой на расправу. Но части повстанцев, созданные из крестьян, разбегались по домам при первой встрече с регулярными полками.
В июне 1774 г. от имени императора Петра III Пугачев выпустил манифест, где в Среднем и Нижнем Поволжье объявил казачье самоуправление, а также полную свободу крепостным, с передачей им безвозмездно помещичьих и казенных земель. Эти послания распространялись и на Дону. В них «царь Петр III» скорбел о преследованиях староверов, объявлял свободу совести и обещал освободить от «тех проклятого рода дворян, которые, не насытясь Россиею, но и природных казаков хотели разделить в крестьянство и истребить казачий род».
Однако 21 июня 1774 г. вышел указ императрицы о прекращении на Дону следственных дел по обвинениям в измене и освобождении всех казаков из тюрем. Миф о царе Петре улетучился при первой же встрече Пугачева со знакомыми донцами. А когда тайна развеялась и пало обаяние личности вождя, стали думать о нарушении присяги, начались дезертирство, военные неудачи, измены.