Разгневанная императрица Екатерина II намеревалась полностью уничтожить войско, но затем смилостивилась и приказала переименовать реку Яик в Урал, остатки войска — в Уральское казачье войско, а Яицкий городок — в Уральский. Все пушки у казаков отобрали и навсегда запретили иметь артиллерию. В городке оставили русский гарнизон.
Так, с 1775 г. яицких казаков стали называть уральскими, а их вольная некогда община преобразована в Уральское казачье войско.
Император Павел I полностью простил уральцев. Свое доброе к ним отношение он подтвердил тем, что в 1798 г. сформировал лейб-уральскую сотню, первым командиром которой стал сотник Севрюгин. Войско, как и прежде, стало посылать казаков на войны, в которых участвовала Россия.
Службу уральских казаков упорядочило в 1803 г. Положение об Уральском казачьем войске, состав которого определялся лейб-уральской сотней и десятью конными полками. В 1819 г. в войско включили казаков Илецкой и Сакмарской станиц, которые стали формировать два новых полка — № 11 и № 12.
В войске утвердился особый способ комплектования — наемка, которая давала возможность за деньги добровольно нанимать казаков на службу вместо очередников.
При императоре Николае I (1825–1855) половина уральских казаков-староверов, уступив давлению, «воссоединились» с русской православной церковью; но в войске еще осталось немало раскольников, мусульман и буддистов. Станичники по-прежнему не могли выбирать свою старшину, их старинное общинное устройство, а круги упразднили. А с 1833 г. их наказной атаман даже не выбирался из среды войска. Власть начальников увеличили за счет вольностей казаков.
В середине XIX в. население войска составляло 72 000 человек обоего пола, из них на действительной службе находилось 6870 казаков. С созданием в 1868 г. Уральской области войско вошло в ее состав, подчинялось военному губернатору, он же — наказной атаман. Казачьи поселения разделялись на станичные округа с окружными атаманами во главе. В поселках и станицах общины избирали своих станичных атаманов. Войско выставляло один лейб-гвардии Уральский казачий эскадрон, девять конных полков и учебную сотню. Наемка сохранялась, но с 1874 г. вводилась для каждого казака с 19 лет до 41 года военная служба. Уходящим на службу выплачивалось денежное пособие на приобретение обмундирования и снаряжения. Каждый казак призывного возраста в течение трех лет служил один год в строевых частях, а для льготных назначались обязательные учебные сборы.
С 1874 г. для уральцев ввели обязательную военную службу, тогда как прежде община посылала казаков по добровольному их согласию. Недовольных этим ссылали в Сибирь и Среднюю Азию.