Но казаки, потеряв право контролировать и смещать своих начальников, не смирились. Не раз вспыхивали восстания, жестоко подавлявшиеся силой. Станичники умирялись пытками, расстрелами, виселицами, ссылками в Сибирь, в солдатские полки.
Все это, а также хамское отношение к старой вере привело к тайной неприязни казаков ко всему русскому.
В 1748 г. войско комплектовало 7 полков по 500 казаков и 8 офицеров в каждом. За добросовестную службу яицкие казаки в первой половине XVIII в. были награждены 15 полковыми и 15 станичными знаменами.
Мало-помалу казаки утрачивали свою независимость. Из формальных подданных они стали фактическими, то есть познакомились с батогами и кнутом. Оренбургское правление дошло в своем усердии до того, что запретило им носить бороду и даже употреблять крестное «раскольничье» знамение. Но насилия иногда кончались трагически для самих усмирителей. Так, в 1771 г. Яицкий городок стал ареной ожесточенного восстания. Казаки вырезали русский гарнизон, а его начальника, генерала Траубенберга, приказавшего солдатам стрелять по войсковому кругу, порубили шашками вместе с атаманом Григорием Тамбовцевым, ставшим в защиту карателя, а всю войсковую канцелярию посадили под стражу. Успокоить разбушевавшиеся страсти удалось только миром и уступками, сделанными не особо рьяным представителем русской власти Саввой Мавриным, который восстановил войсковой круг, освободил арестованных, отменил новое Положение об управлении казачьими войсками, очень непопулярное среди казаков, и, наконец, справедливо распределил присланное «жалование».
Но в 1772 г. русские подавили мятеж и предали смерти, тюрьме и ссылке тысячи повстанцев. Власть взял в руки присланный из России комендант. В центре Яицкого городка оккупанты соорудили крепость для сильного русского гарнизона, ликвидировав даже иллюзию самоуправления казаков. Усилилось и угнетение староверов, усугубившее еще больше неприязнь к русским.
Недовольство усилилось и в 1773 г. с появлением в крае отрядов Е. И. Пугачева — большинство казаков охотно откликнулись на его обещание пожаловать их «крестом и бородой, реками и лугами, деньгами и съестными припасами, свинцом и порохом и вечной волей». Служа самозванцу, казаки Яика составили отборные части его вооруженных сил. Казаки, калмыки, башкиры и татары уничтожали и изгоняли со своих земель в Заволжье (от Царицына до Казани) всех русских «начальных людей». Но, в конце концов, повстанцы уступили силе и смирились. За свой «бунт» казаки дорого заплатили: кровью сотен казненных, рваными ноздрями, беспощадно дранными, сосланными в Сибирь.