Подлинный бич подводных лодок - пожары. Так, на том же головном «Наутилусе» в 1958 году загорелась обшивка турбины. Лодка всплыла. Борьба с пожаром длилась несколько часов, погиб один человек. Ситуация усугублялась тем, что на корабле имелось всего 4 противодымных маски, а противопожарные средства вообще в то время были примитивны. Командир корабля тогда сказал: если бы пожар произошел подо льдами, экипаж бы неизбежно погиб. В этом же году на субмарине «Тритон» случилось два пожара, четыре человека получили сильные ожоги.
В июле 1960 года на подводной лодке «Сарго» взорвался жидкий кислород, который принимался для двигателей торпед. Взрыв перешел в мощный пожар, погибла часть личного состава, никакие противопожарные средства справиться с огнем не могли. Дело было на известной военно-морской базе США Перл-Харбор, подводную лодку затопили у пирса и только таким образом справились с пожаром. Разумеется, корпус и все оборудование подлодки получили серьезные повреждения от огня и воды, лодка на длительное время оказалась выведенной из строя.
Частыми были и такие явления, как утечка фреона из холодильных установок, обводнение системы гидравлики в исполнительных механизмах рулей и арматуры дистанционного управления. Это касается подводных лодок «Тритон», «Сивулф», «Сидрагон». Срабатывания аварийной защиты реактора отмечались на «Скорпионе» и других кораблях. Большей частью это были ложные срабатывания, но они лихорадили обслуживающих реактор офицеров и матросов.
Во время кругосветного плавания подводной лодки «Тритон» на большой скорости произошел выброс из системы гидравлики масла. Под большим давлением оно превращалось в пелену тумана и в случае появления искры это грозило пожаром или взрывом. Только благодаря двум матросам, безукоризненно знавшим свое заведование, вслепую удалось отключить напорную и сливную магистрали системы гидравлики и, таким образом, остановить дальнейшее развитие аварийной ситуации.
Имели место на атомных лодках и навигационные аварии - как из-за выхода из строя штурманского вооружения, так и по халатности личного состава. Ряд аварий был связан с использованием новых видов оружия и вооружения. К примеру, на атомном подводном ракетоносце «Патрик Генри» две запущенных из-под воды ракеты упали на собственную лодку, повредив ей легкий корпус. На другой подлодке США, «Скейт», при испытании усовершенствованной линии вала был утерян винт, и субмарину пришлось буксировать в базу другими кораблями.
Таким образом, с наступлением атомной эры в ВМС США навигационные причины аварий отодвинулись на задний план, а лидерство перешло к пожарам, водотечности и потере герметичности систем ядерной установки. Эти причины стали основными - на их долю приходится две трети общего числа аварий.