Придерживаясь собственных законов, флибустьеры сами вершили суд над провинившимися собратьями. Того, кто при дележе добычи давал ложную клятву, изгоняли с корабля и впредь никогда не принимали. Его могли марунировать (marooning), или «осудить на высадку», то есть оставить на необитаемом острове с ружьем, небольшим запасом пороха, свинца и воды. В некоторых экипажах за изнасилование, пьянство, неповиновение командиру, самовольную отлучку с поста провинившихся наказывали: вдали от неприятеля — лишением доли в добыче, вблизи его — смертью. Виновного в вероломном убийстве привязывали к дереву, и он сам выбирал человека, который должен был его умертвить Когда в 1697 году во время грабежа французскими флибустьерами испанского города Картахена двое из них нарушили приказ о прекращении беспорядков и изнасиловали несколько горожанок, преступников схватили и приговорили к расстрелу. И хотя сами пострадавшие просили простить провинившихся, последние были расстреляны на глазах у всех жителей.
В отличие от военных моряков, флибустьеры не были жестко привязаны к какому-либо кораблю и могли сойти на берег, где хотели, либо перейти на другое судно, команда которого соглашалась принять их.
Они неохотно подчинялись капитану и квартирмейстеру во всем, что касалось работ на борту судна, так как каждый считал себя свободным человеком. Дампир, описывая трехмесячное бесплодное крейсерство флибустьеров у берегов Панамского перешейка, отмечал: «Это были унылейшие создания… И хотя погода была плохой, что требовало многих рук наверху, большая часть из них слезала с гамаков только для того, чтобы поесть или справить нужду». Каждый делал, что хотел, не спрашивая, приятно ли это его товарищам. Иные из них пели и плясали, в то время как другие тщетно пытались уснуть, однако такого рода неудобства нужно было переносить без ропота.
Принято считать, что власть капитана флибустьеров была неограниченной: члены экипажа должны были выполнять его приказы беспрекословно; он мог карать или миловать провинившихся по своему усмотрению; он сам определял, куда надо плыть и на кого нападать; он распоряжался награбленной добычей и, при желании, мог зарыть ее на необитаемом острове, не оставив свидетелей… На самом деле капитан флибустьеров, в отличие от капитана военного или корсарского корабля, пользовался весьма ограниченной властью. Все должности в среде флибустьеров, включая должность капитана, были выборными. Любое важное решение принималось большинством голосов после предварительного обсркдения на общем совете (сходке, собрании). Об этом недвусмысленно свидетельствуют письменные источники, относящиеся к деятельности флибустьеров XVII века. Обратите внимание на выдержку из сочинения Эксквемелина, описывающего обычаи карибских флибустьеров 60-х годов XVII века: