Влияние Мориля сказывалось на постановлениях собора в Лизьё, касавшихся запрета диаконам и сельским священникам сожительствовать с женщинами (что, впрочем, так и осталось мертвой буквой). Что же до каноников, то им разрешалось жениться на своей сожительнице, если не удавалось убедить их отказаться от этого сожительства. В формулировке же положений, касавшихся Святой Троицы и реального присутствия тела и крови Христовых в таинстве причащения, принятых в опровержение распространившихся тогда еретических суждений по этому вопросу, чувствуется участие Ланфранка. В завершение Святые Отцы выразили озабоченность по поводу того, что народная религиозность порой принимала слишком обмирщенный характер.
Вильгельм был искренен в своей поддержке церковных реформ. Ему, приверженцу порядка и дисциплины, претили всякого рода ереси и беспорядки в среде духовенства. Он искренне разделял идеи реформы — при условии, что она проводилась им самим. Как социальный организм, Церковь, по его мнению, непременно должна подчиняться государству. С этой своей позиции он не сходил никогда. Среди реформаторов при папском дворе тогда проявлялись две тенденции: одна, больше внимания уделявшая вопросам морали, делала упор на воспитание и проповедь, на духовное исправление паствы, а другая, более полагавшаяся на общественные и государственные учреждения, ставила своей целью полное выведение Церкви из подчинения светским властям. Соответственно, эти тенденции олицетворяли собой два кардинала: Петр Дамиани — первую и Гильдебранд — вторую. Позиция Мориля, получившая одобрение герцога Вильгельма, несла на себе отпечаток влияния Дамиани, однако со вступлением в 1058 году на папский престол Николая II восторжествовала тенденция, олицетворением которой был Гильдебранд. В 1059 году Латеранский собор впервые открыто осудил светскую инвеституру прелатов, одновременно признав за кардиналами исключительное право избирать папу римского.
Последнее постановление имело весьма серьезные последствия для будущего Церкви, поскольку оно, намечая своей целью освобождение папства от политического ига, вместе с тем изолировало его от массы христиан. Проявилась новая тенденция — ставить Церковь над государствами как своего рода сверхгосударство. Таким образом, долгая идеологическая эволюция достигла этапа, за которым она уже не могла продолжаться, не вызывая серьезных конфликтов. Начиная с эпохи Меровингов, интерпретаторы «Града Божьего» Августина Блаженного на основании этого текста формулировали доктрину, отводившую религиозной власти более высокое достоинство и принципиальное верховенство над властью политической. Позднее в рамках этой доктрины стали рассматривать империю Карла Великого как «длань Божию», защитницу церкви. Последовавший затем развал империи породил в среде духовенства представление о своего рода естественной гегемонии Святого престола в пределах христианского мира. Множество факторов способствовало кристаллизации этой идеи. В 1056 году умер император Генрих III, наследником которого остался шестилетний ребенок, что имело свои негативные последствия даже для Италии. Норманны расширили свое беспокойное присутствие с юга полуострова вплоть до стен Рима. Победы Роберта Гвискара возвестили о грядущих потрясениях. В 1059 году папа Николай II попытался упредить события, приняв Роберта в качестве защитника Святого престола. Заключенное надлежащим образом соглашение предусматривало территориальные уступки норманнам в обмен на уплату ежегодной подати и принесения вассальной присяги. Соглашение 1059 года оказалось весьма полезным для Роберта Гвискара, со следующего года приступившего вместе со своим братом Рожером к подготовке похода на Сицилию, двумя веками ранее завоеванную маврами. Папа пришлет ему в качестве символа священной войны штандарт святого Петра. Спустя шесть лет такой же подарок получит от римского понтифика и Вильгельм Завоеватель.