Как король, так и Ланфранк стремились к сплочению и унификации Церкви, которую они совместно возглавляли. В 1070 году возник конфликт между Ланфранком и Томасом, архиепископом Йоркским. Беспорядки на севере страны и угроза, пока что вполне реальная, раскола королевства требовали объединения всей Англии в одну церковную провинцию. Но кто мог бы возглавить ее — архиепископ Йоркский или Кентерберийский, до того времени равные? В 1072 году церковный собор в Винчестере принял решение в пользу Кентербери. С того времени для английской церкви начался дли-тельный период стабильности. Ланфранк занимал кафедру Кентерберийского архиепископства вплоть до своей смерти в 1089 году, а его преемник Ансельм — до 1109 года. Они в течение почти полувека обеспечивали такое управление своей церковной провинцией, которое создавало необходимые предпосылки для ее интеллектуального и морального возрождения. В 1073 году Ланфранк рукоположил в Лондоне нового епископа Дублинского Патрика, претендуя на распространение своей юрисдикции на эту кафедру, что явилось первым проявлением притязаний Англии на господство в Ирландии. В 1077 году по ходатайству Томаса, архиепископа Йоркского, и по договоренности с ярлом Оркнейских островов он назначил комиссию, которая должна была заняться изучением условий для учреждения там епископства — английская церковь распространяла свое влияние на север Европы.
Начиная с 1070 года периодически проводились синоды с участием епископов и аббатов Английского королевства. Реформистские тенденции континентального происхождения все более усиливались по мере замещения выходцами из Франции церковных должностей, которые прежде занимали англосаксы. В дисциплинарном плане Ланфранк и король прежде всего вели наступление против практики симонии. В 1072 году они предали проклятию николаизм, предложив епископам рукополагать в сан только тех, кто пообещает соблюдать обет безбрачия. Декретом 1075 года суды шайров лишались в пользу епископальных судов права выносить решения по религиозным вопросам, то есть в отношении церковнослужителей как таковых и по делам, относящимся к сфере компетенции канонического права.
Одновременно с этим Вильгельм принял меры по ограничению влияния Рима на Англию. Он добился от папской курии обязательства, что без его согласия в Англии не будет распространяться ни одно папское бреве и не будет объявлено ни одно отлучение от церкви. Эта мера впоследствии послужит причиной разного рода конфликтов. Вероятно, ту же самую цель преследовал Вильгельм, выбирая претендентов на епископские кафедры среди белого духовенства, а не из числа монахов. Он поддерживал также к собственной выгоде определенные феодальные обычаи. Так, он требовал от церковных учреждений Англии службы в феодальном ополчении, по собственному усмотрению определяя количество рыцарей, которое должно было предоставить в его распоряжение каждое аббатство, например, Питерборо — 60, а Сент-Олбанс — шесть. Англосаксы были возмущены, зато аббаты, прибывшие из Нормандии, одобряли эту систему, которая позволяла им наделить земельными владениями своих бедных родственников. Причиной для возмущения могло, в частности, послужить то, что аббатства, обязанные военной службой, вынуждены были привлекать светских вассалов, а это, в свою очередь, служило причиной бесконечных раздоров. Так, в 1083 году аббат Гластонбери, вступивший в конфликт с вверенной его попечительству монастырской братией, для устрашения ее призвал своих вассалов, которые, окончательно распоясавшись, вышли из подчинения, проникли в церковь и изрешетили стрелами алтарь, у которого столпились в поисках убежища перепуганные монахи, трое из которых были убиты, а 18 ранены.