Голландцы при деятельной поддержке местного населения начали вооруженную борьбу против испанцев и португальцев и стали последовательно вытеснять их с этих островов. Первые же годы торговли с Молуккскими островами и отчасти с Суматрой и Целебесом принесли такие колоссальные барыши, что Голландская Ост-Индская компания решила, не останавливаясь перед расходами, повести систематическую борьбу против своих европейских предшественников по колониальному разбою и, уничтожив португальско-испанскую монополию, заменить ее монополией голландской. Для этого был создан торговый и военно-политический центр голландского влияния на островах Индийского океана. Он находился не на Молуккских островах, хоть и самых богатых, но уж очень отдаленных, а на Индонезийском архипелаге, на острове Ява.
В 1602 г. была организована Ост-Индская голландская компания, в 1609 г. была учреждена должность генерал-губернатора факторий и торговых станций Ост-Индской компании, а уже спустя 10 лет голландцам удалось начать систематический захват княжества Джакарта со столицей того же имени. Разгромив ее, голландцы основали на ее развалинах город Батавию — центр и опорный пункт голландских колонизаторов.
Голландский торговый капитал был могуч, голландская промышленность так быстро развивалась и, в свою очередь, получила такое снабжение нужным ей сырьем богатейших островов Индонезии, что голландское экономическое, а потому и политическое преобладание очень быстро упрочилось на Яве и на Молуккских островах. Голландцы вступили в ряд торгово-политических договоров с местными царьками, завели в Батавии сильный гарнизон и, укрепив самый город и бухту, могли предпринимать экспедиции и отдельные войны и походы, когда это, по их мнению, требовалось. В 1624 г. голландцы захватили часть китайского острова Тайвань, изгнав оттуда португальцев и завладев их факторией. Затем один за другим последовали два новых блестящих успеха Ост-Индской компании, У которой к тому времени были свое постоянное войско и сильный флот. В 1641 г. голландцы изгнали португальцев с полуострова Малакка, а в 1658 г. им удалось овладеть португальской укрепленной торговой факторией на Цейлоне и вместе с тем всей цейлонской торговлей. Это не значит, что голландцы «овладели» всем Цейлоном или всем Малаккским полуостровом, но устроились они прочнее и надежнее португальцев. Ост-Индская компания основывала торговые поселки (фактории), укрепляла их, вела из этих факторий обширнейшую торговлю с местным населением, которое, за вычетом кое-каких прибрежных местностей, оставалось при своей старой политической организации. Постепенно, с конца XVI в., голландская торговая супрематия стала перерастать в политическое владычество над всей территорией и всем населением индонезийских островов,