В деятельности чекистов Ленинграда и фронта, частей пограничных и внутренних войск отчетливо прослеживаются три этапа, каждый из которых имел свои особенности по характеру решаемых задач, вытекавших из военной и политической обстановки: первый — начальный период военных действий до стабилизации фронта осенью 1941 года; второй — девятисотдневная блокада города; третий — после снятия вражеской осады до разгрома и капитуляции гитлеровской Германии.
На всех этих этапах подразделения органов госбезопасности работали в тесном взаимодействии под руководством Ленинградского областного комитета партии и Военных советов фронтов.
Как известно, к августу 1941 года группе фашистских армий «Север» удалось прорваться к Ленинграду. Город был в опасности. В эти трудные дни ленинградские чекисты руководствовались единым со всем народом стремлением остановить врага. 200 сотрудников Ленинградского управления госбезопасности добровольно вступили в армию народного ополчения и геройски сражались на поле боя с немецко-фашистскими захватчиками.
Отражая с оружием в руках атаки врага, армейские чекисты в критических случаях заменяли выбывавших из строя командиров. Так поступили начальники особых отделов дивизий Русяев, Каретин, Васин, сотрудники Коновалов, Дубровский и другие. По указанию Военного совета фронта на труднейших направлениях в помощь командованию создавались заградительные отряды из пограничников и специальные чекистские оперативные группы для борьбы с десантами вражеских парашютистов. Их возглавляли заместители начальника особого отдела фронта Качалов и Лавнеев, другие опытные сотрудники. В драматические для нашей Родины дни ленинградские чекисты захватили, разоблачили и обезвредили немало разведывательных и диверсионных групп противника, которые забрасывались в ближние тылы обороняющихся советских войск; подготовили и направили на занятую вражескими войсками территорию области ряд боевых групп и отрядов особого назначения.
Благодаря героическим действиям войск Советской Армии и народных ополченцев, помощи всей страны осенью 1941 года наступление немецко-фашистских дивизий было остановлено. Но врагу удалось, захватив в сентябре 1941 года город Шлиссельбург (ныне Петрокрепость), блокировать Ленинград, оборонявшие город армии фронта, Краснознаменный Балтийский флот.
Стабилизация фронта и блокада потребовали перестройки деятельности всех подразделений органов госбезопасности Ленинграда и фронта. Теперь на первый план выдвинулись задачи борьбы с засылаемой в город и воинские части вражеской агентурой, которая готовилась противником в специальных разведывательно-диверсионных школах, обеспечения сохранности военной и государственной тайны в войсках и штабах, на оборонных предприятиях, а также повышения политической бдительности населения и воинов в условиях осажденного города. Ленинградские чекисты разоблачили ряд агентов фашистской разведки, заброшенных к нам с целью сбора данных об оборонных объектах города, дислокации воинских частей и их штабов. Была пресечена враждебная деятельность отдельных лиц, пытавшихся распространять среди населения антисоветские и пораженческие настроения, сеять панику.