Большую работу провели сотрудники управления и военной контрразведки фронта по обеспечению безопасности перевозок по легендарной Дороге жизни, развертыванию партизанского движения на временно оккупированной немецко-фашистскими войсками территории. Созданные под руководством Ленинградского штаба партизанского движения чекистские оперативные группы разоблачали агентов разведывательных и контрразведывательных служб противника, оказывали помощь командованию отрядов и бригад в повышении их боевой готовности, непосредственно участвовали в боях и разведывательно-диверсионных операциях.
Многие оперативные работники органов госбезопасности Ленинграда известны своими героическими подвигами в тылу противника. Стойко и мужественно действовали на занятой врагом территории области чекисты Копылов, Бесчастнов, Савельев, Ефремов и другие. Находившийся на партизанской базе близ разведывательно-диверсионной школы гитлеровцев в местечке Печки Эстонской ССР старший лейтенант Пяткин Георгий Иванович подготовил и осуществил операцию по захвату заместителя начальника школы. Это дало нам возможность получить важные сведения о вражеских агентах, проходивших подготовку к выброске в тыл советских войск, о преподавательском составе школы.
Мужество и большое самообладание проявила в тылу гитлеровцев Сильвия Воскова — дочь революционера Воскова. До нас дошел дневник, который она вела в годы войны. По сохранившимся записям можно судить, каким родником патриотизма, стойкости и веры в нашу победу был для нее революционный путь отца. Незадолго до направления в тыл врага, в конце 1943 года, ока сделала запись: «Скоро пойду выполнять свою работу в отряд. Постараюсь не ударить в грязь лицом и быть настоящей дочкой старых большевиков». В 1944 году при выполнении боевого задания на занятой противником территории Воскова погибла в схватке с врагом.
Напряженным трудом в осажденном городе, в частях и соединениях фронта, в тылу гитлеровских войск чекисты способствовали успешным действиям войск Ленинградского и Волховского фронтов, которые в январе 1943 года осуществили прорыв блокады, а в начале 1944 года разгромили немецко-фашистскую группировку под Ленинградом. Деятельность чекистов была высоко оценена Ленинградским областным комитетом партии и Военными советами фронтов.
После снятия блокады сотрудники Ленинградского управления госбезопасности и военной контрразведки основные усилия сосредоточили на выявлении агентуры контрразведывательных служб фашистской Германии, действовавшей ранее на оккупированной противником территории области, изменников Родины, принимавших участие в расстрелах и истязаниях советских патриотов, пособников гитлеровцев. Двигаясь вместе с наступающими советскими войсками, чекисты раскрыли несколько оставленных немцами на территории Прибалтики шпионско-диверсионных и повстанческих групп из числа буржуазных националистов, сотрудничавших с фашистскими спецслужбами. Банды были снабжены противником рациями, запасом оружия, продовольствия и советскими деньгами. Ленинградский контрразведчик Поспелов перед наступлением наших войск на Ригу скрытно проник с оперативной группой в город и захватил картотеку агентуры одной из вражеских абвергрупп. Во время ликвидации курляндской группировки немцев подразделениями военной контрразведки фронта был задержан ряд высокопоставленных официальных сотрудников специальных служб фашистской Германии. Многие офицеры Ленинградского управления госбезопасности и особых отделов фронта принимали активное участие в боевых действиях по окончательному разгрому гитлеровской Германии, закончили войну в поверженном Берлине и на Эльбе.