Когда 10 июня 1940 г. Италия вступила в войну, французское верховное командование, думая о возможности появления нового фронта в Триполитании, решило перебросить GCI/7 из Сирии в Исмаилию на Суэцком канале. 23 июня три MS.406 вылетели в Египет в качестве авангардной группы; один из них разбился при посадке и был списан. Когда двумя днями спустя вступило в силу перемирие между Францией, Германией и Италией, остальная часть группы осталась в Сирии. Французские летчики, перелетевшие в Исмаилию, решили присоединиться к силам "Свободной Франции". Два уцелевших MS.406, получившие британские номера, вместе с двумя Потэ 63.11, двумя Мартин 167F и одним Блок 81 образовали звено "Свободной Франции" №2. MS.406 летали на боевые задания с "Гладиаторами" и "Харрикейнами" 274- й эскадрильи, до того как в сентябре их перебросили в Хайфу. 13 ноября 1940 г. один из них отклонился от полосы при посадке во время испытательного полета в Хайфе; шасси подломилось на неровном грунте и левое крыло было повреждено. Другой MS.406 удрал из Ливана 5 декабря и перелетел в Хайфу, получив там британский номер. Использование французских истребителей ограничивалось недостатком запчастей.С расформированием 2-го звена 9 апреля 1941 г. самолеты перешли к 107-й вспомогательной части. В июле, с завершением сирийской кампании, в руки англичан попала дюжина уцелевших боеспособных MS.406, ранее принадлежавших GCI/7. Впоследствии они стали первоначальным вооружением группы "Эльзас", сформированной 15 сентября 1941 г. в Раяке.
Хотя ни одна боевая часть авиации Виши в не оккупированной зоне не летала на MS.406, некоторые из них продолжали использоваться в летных школах и учебных эскадрильях в Тулузе и Блиде (Алжир) для поддержания навыков пилотирования в 1942 г. В этом же году правительство Виши согласилось продать 30 MS.406, хранившихся в консервации, финскому правительству. Финские ВВС ранее получили 30 MS.406 со складов французских ВВС зимой 1939-40 годов. Они поступили в истребительную эскадрилью HLeLv28, сформированную 8 декабря 1939 г. Она вступила в боевые действия в феврале 1940 г. из Сакулы. 29 из них пережили "зимнюю войну" и в 1941 г. были дополнены 27 самолетами, купленными в Германии и включавшими и MS.406, и MS.410, захваченные вермахтом во Франции. Перед поставкой в Финляндию на них поставили немецкие радиостанции FuG 7а вместо Радио-Индустри 537, немецкие приборы, хвостовое колесо и броню для радиатора и пилота общим весом 80 кг. HLeLv28 специализировалась на охоте за поездами на Мурманской железной дороге. На некоторых экземплярах MS.406 в этой части 20-мм пушки HS9 или HS404 заменялись трофейными 12,7-мм пулеметами Березина (УБ). Хотя MS.406 был в общем-то популярен у финских летчиков, он оказался весьма неприятным в условиях суровой зимы и HLeLv28 страдала от низкой боеспособности самолетов.