Министр вооружений Альберт Шпеер присвоил программе Me 262 наивысший приоритет, но самолет все еще был далек от поступления на вооружение. Предстояло решить многочисленные проблемы. Развертывание производства шло с большими трудностями. Квалифицированные рабочие кадры были брошены на восполнение потерь на Восточном фронте. Потребовалось рассредоточить производство, а это, в свою очередь, легло дополнительным бременем на обеспечение ресурсами. Так как военная ситуация не позволяла какой-либо задержки в работе сборочных линий, для возможного освоения Me 262 было решено вместо использования системы рассредоточенного производства реконструировать завод "Мессершмитт А.Г." в Коттерне. Шпеер обещал для этого завода 1800 квалифицированных рабочих, но, как оказалось, большинство из прибывших вообще не умели что-либо делать. Отто Заур подбросил гауляйтеру Тюрингии Фрицу Заукелю идею – использовать для производства истребителя шахты в Кале и Каммсдорфе. Самолеты должны были на специальных подъемниках подаваться наверх из шахты, после чего сразу взлетать с прилегающих аэродромов. Заукель обещал начать производство в марте 1945 г., а к концу года довести поставки до 1000 самолетов в месяц. Его влияние было таково, что он сумел добиться выделения для себя части людских ресурсов, материалов и оборудования, запланированных для организации производства в Коттерне. Комплекс Заукеля должен был стать крупнейшим подземным производством Германии, но до конца войны с него не был поставлен ни один самолет.
Проблему представлял не только выпуск планеров Me 262, но и выпуск двигателей Jumo 004В. Директор "Юн- керса" и член комиссии по производству Me 262 Камбейс горой стоял против развертывания массового производства Jumo 004, так как двигатель еще не был доведен, и его надежность оставляла желать лучшего. Несмотря на наличие хороших возможностей по испытанию и производству двигателя, поставки с "Юнкерса" Jumo 004В были ничтожными до июня 1944 г, когда, несмотря на кучу нерешенных проблем, двигатель "Юнкерса" был все же запущен в производство волевым решением. Ситуация осложнялась нехваткой мощностей для массового производства. Сборка Jumo 004 была налажена в туннелях под Нордхаузеном, но главной проблемой была нехватка никеля и хрома для изготовления лопаток компрессора. Компрессор Jumo 004В имел десять ступеней с 40 лопатками на каждой. Из-за недостатка качественного сырья лопатки турбины и компрессора часто не выдерживали напряженных режимов работы. Это приводило к отказам двигателя или к его разрушению. Давление перед турбиной на умеренных скоростях и больших высотах часто резко падало, а регулировать подачу топлива было очень тяжело. В результате избытка топлива двигатель тут же загорался, а при его недостатке глох.