А юный Самуил с каждым годом пользовался всё большей любовью Господа и людей. Однажды вечером, когда Илий и Самуил лежали в скинии, Господь позвал Самуила: «Самуил! Самуил!» Самуил подумал, что это Илий зовёт его, и, подбежав к первосвященнику, сказал: «Вот я! Зачем ты звал меня?» Илий отвечал: «Я не звал тебя; пойди назад и ложись». Он пошёл и лёг. Но Господь в другой раз позвал Самуила: «Самуил! Самуил!» Он встал и опять пришёл к Илию и сказал: «Вот я! Ты звал меня?» Тот возразил: «Да нет же, ты мне не нужен. Иди и спи спокойно, сын мой!» Самуил вернулся на своё место, но Господь в третий раз окликнул его, и он опять пришёл к Илию, поскольку никак не мог взять в толк, кто ещё может звать его в скинии. Но Илий понял, что это Бог зовёт Самуила, и сказал: «Пойди назад и ложись, и когда Зовущий обратится к тебе, ты скажи: „Говори, Господи, слышит Тебя раб Твой!“». Самуил пошёл и лёг на своё место. Господь пришёл в четвёртый раз и окликнул его как прежде. Самуил отвечал: «Говори, Господи, ибо слышит Тебя раб Твой». И сказал Бог Самуилу: «Передай слово Моё Илию: „Я сделаю дело в Израиле, о котором кто услышит, у того зазвенит в обоих ушах. Я исполню над Илием то, что давно надлежало сделать за его нерадение: накажу его дом навеки, ибо он знал, как нечестиво поступают его сыновья, знал, но не остановил их! И потому вот что Я сделаю с сыновьями его, Офни и Финеесом: оба они умрут в один день, и не будет в доме Илия старца во все грядущие дни. И не загладится вина Илиева дома вовек ни жертвами, ни хлебными приношениями“».
Утром Илий позвал мальчика к себе и спросил: «О чём Господь говорил с тобой? Не скрывай от меня этого, ибо я должен всё знать». Самуил объявил Илию всё, что слышал, и ничего не скрыл от него. Илий склонил голову и ответил: «Господь велик! Что бы он ни сделал со мной, всё будет справедливо». С тех пор Бог стал являться Самуилу и возвещать через него Свою волю. И узнал весь Израиль, что Самуил удостоился быть пророком Господним, и слушался его.
Вскоре началась новая война между евреями и филистимлянами. Филистимляне взяли верх над евреями при Афеке, перебив у них четыре тысячи человек. Тогда старейшины Израилевы решили: «Возьмём из Силома Ковчег Завета Господа. Он пойдёт среди нас и поможет одолеть наших врагов». Старейшины послали за ковчегом в Силом и принесли его оттуда. При нём были два сына Илиевы, Офни и Финеес. Вскоре началась жестокая битва, и опять филистимляне победили евреев, перебив у них тридцать тысяч человек. Пали и оба сына Илиевы, а Ковчег Господень был взят филистимлянами. Один человек из колена Вениаминова прибежал в Силом и сказал Илию: «Вот, израильтяне опять разбиты, сыны твои мертвы, а Ковчег Господень захвачен врагами». Услышав это, Илий упал на землю и умер. Он был в то время уже очень стар, так как прожил на земле девяносто восемь лет. Сорок из них он был судьёй Израиля.