В конце августа 1941 г. Г.В. Балицкий был оставлен для работы в тылу противника в качестве помощника секретаря Черниговского подпольного обкома КП(б)У.
В Черниговском областном партизанском соединении, которым командовал А.Ф. Федоров, Г.В. Балицкий стал одним из лучших организаторов диверсий на железнодорожных коммуникациях. С 23 августа 1942 г. по 8 марта 1943 г. он руководил отдельной диверсионной группой партизан (до 30 человек), которая действовала на магистрали Гомель — Брянск и подорвала 13 эшелонов противника. В начале марта 1943 г. Г.В. Балицкий был назначен командиром партизанского отряда им. И.В. Сталина в соединении А.Ф. Федорова.
После передислокации партизанского соединения с Черниговской области на Правобережную Украину перед партизанами была поставлена боевая задача — действовать на железнодорожных коммуникациях противника на территории Волынской области, в районе Ковельского транспортного узла. Центральное место в намеченных мероприятиях отводилось партизанскому отряду им. И.В. Сталина под командованием Г.В. Балицкого, численность которого временами достигала почти 400 бойцов.
За период с июля 1943 г. по март 1944 г. партизанами Г.В. Балицкого было подорвано 135 эшелонов с живой силой и техникой противника, повреждено и разбито 138 паровозов и 958 вагонов, платформ и цистерн. Это был один из лучших показателей по диверсионной деятельности среди отдельно действующих партизанских отрядов.
В процессе диверсионной деятельности партизанскому отряду им. И.В. Сталина приходилось вести нелегкую борьбу с боевыми группами и отрядами украинских националистов, которые устраивали засады на группы партизан-подрывников, партизан-разведчиков и партизан-фуражиров.
После выхода в тыл Черниговского партизанского соединения А.Ф. Федорова (апрель 1944 г.) на его базе было создано несколько мобильных партизанских соединений (по 600–800 человек) для продолжения действий на оккупированной территории западных областей Украины. Командиром одного из них планировалось назначить Г.В. Балицкого. Однако в последующем этот замысел не был реализован.
В июле 1944 г. Г.В. Балицкий был направлен на партийную работу; в 1947 г. он окончил Высшую партийную школу при ЦК КПСС; с 1964 г. — был председателем партийной комиссии при Кировоградском обкоме Компартии Украины.
На партизанском поприще Г.В. Балицкий зарекомендовал себя талантливым командиром и умелым организатором. В одной из характеристик отмечалось, что он проявил себя смелым, решительным и инициативным командиром, тактически грамотно руководил боевыми действиями отряда.