УВВС пришлось поспешно корректировать планы. Если раньше план по ДБ-3 с М-87 оставляли только предприятию в Комсомольске, то теперь в него внесли 75 машин дня завода Л? 18 и 25 – для завода № 39. Самолеты с М-88, фактически изготовленные, но не сданные в 1939 г.. занесли в план на 1940 г. как дополнительные.
Поспешный запуск в производство крайне «сырой» модификации обошелся промышленности очень дорого. Руководство завода № 39 потом честно признавало: «…производство разворачивалось полным ходом, выпуская машины, заведомо обреченные на переделки…». К огрехам, возникающим при освоении любой новой техники, добавлялись многочисленные конструктивные просчеты и просто ошибки инженерно-технического персонала. План по выпуску М-88 выполнили в 1939 г. не более чем наполовину. Поставки в 1 – м квартале 1940 г. обеспечивали производство лишь на 50- 60%. Да и качество двигателей оставляло желать много лучшего. Значительная часть продукции, сдававшейся на заводе Л'? 29. браковалась входным контролем на самолетостроительных предприятиях. Около 100 моторов пришлось за 1 -й квартал снять уже после заводского облета. Освоить М-88 обязали завод № 24, делавший двигатели Микулина и Швецова. Там от «чужих» моторов отбивались руками и ногами, резонно полагая. что рушить уже налаженное производство не стоит. В конечном итоге все вылилось только в лишние затраты на изготовление так и не потребовавшихся чертежей и оснастки. Сделали лишь партию двигателей из деталей завода № 29. Выпуск винтов ВИШ-23 начали только в 4-м квартале 1939 г.. сделав их всего 11 штук (причем разных модификаций). Нехватка то того, то другого вынуждала выводить из цехов полусобранные бомбардировщики. На 1 апреля 1940 г. в Воронеже стояли на аэродроме 19 машин без моторов. 50 без винтов. Не хватало резины, стальных труб, листового дюраля. приборов.
Измененное шасси ДБ-3М поначалу имело тенденцию к складыванию. Самолеты бились еще до поступления в строевые части – при облете на заводах. На посадке замки не удерживали стойки в выпущенном положении, они складывались, и машина вместо приемки попадала в ремонт. На заводе № 18 произошло подряд семь таких случаев, в Москве – еще три. Военная приемка в апреле 1940 г. потребовала от заводов переделать шасси в общей сложности на 245 бомбардировщиках, еще не поступивших в части.
ОКБ-39, впопыхах пытаясь устранить основные дефекты ДБ-3М, вносило огромное количество поправок в документацию. К 1 апреля 1940 г. изменили 7290 чертежей. Старые и новые документы путались, вызывая все новые переделки машин, уже прошедших сборку. Их разбирали и собирали вновь, теряя время н деньги. Оправдываясь за невыполнение плана, военная приемка на заводе Л« 18 жаловалась: «Неудовлетворительная доводка самолета со стороны главного конструктора тов. Ильюшина срывала нормальную работу завода».