Посоветовавшись с Потемкиным, Екатерина вносит ряд поправок в подготовленные Никитой Ивановичем документы: главнокомандующему против «внутреннего возмущения» было отказано в начальстве над Московской губернией, а обе следственные комиссии, которые П. И. Панин хотел подчинить себе, оставались в непосредственном подчинении императрицы, это притязание нового командующего вызвало у нее особенно резкие возражения. Таким образом, Петр Иванович и получал, и не получал желаемое. Он не отказался от командования, хотя не все его условия были выполнены: такая, урезанная власть предоставляла ему в руки большие шансы для политической борьбы. Но теперь у императрицы имелась реальная возможность противостоять возможному «диктатору», тем более что самая важная Казанская следственная комиссия оставалась в ведении троюродного брата Потемкина Павла Сергеевича.
Был ли Петр Иванович доволен таким оборотом дел? Молодой политик сумел развернуть игру невыгодным для партии Паниных образом. Это было первое поражение, которое прусская группировка потерпела от Потемкина. Но для Петра Ивановича настоящая борьба только начиналась.
Получив назначение, он не поехал сразу в Казань, поскольку военные действия захватывали уже и Московскую губернию. Панин намеревался превратить старую столицу в свою штаб-квартиру и сосредоточить власть в Москве в своих руках. В этом случае исполнить его далеко идущие политические замыслы было бы куда легче. Но в Первопрестольной оказалось два главнокомандующих — Волконский и Панин. Официально Москва не была вверена власти Петра Ивановича. Он выдвинул на дорогах, идущих к старой столице значительные силы, а когда волны крестьянской войны под ударами регулярной армии стали откатываться все восточнее, у главнокомандующего не оказалось никакого предлога для задержки в Москве. Сначала он руководил операциями из ближнего к старой столице города Шацка, а затем вынужден был последовать за карательными отрядами в Симбирск.
На охваченных мятежом землях Петр Иванович, имея в руках огромную воинскую силу, почувствовал себя полным господином. Обе столицы были далеко, вокруг бушевало кровавое море крестьянской войны, и Панин не стал смущаться в выборе методов для подавления бунтовщиков. Ни при А. И. Бибикове, ни при Ф. Ф. Щербатове, прежних командующих, край не видел ничего подобного от представителя правительственной власти. Террор охватил очищенные от повстанцев земли; для устрашения волнующихся крестьян Панин приказал казнить мятежников прямо на месте поимки, без суда и следствия. Именно тогда вниз по рекам поплыли плоты с колесованными и подвешенными за ребра пугачевцами.