Однако на Волге власти главнокомандующего противодействовал Павел Сергеевич Потемкин, руководитель Казанской следственной комиссией, переживший с населением в казанской крепости страшные дни, когда Пугачев сжег город, а захваченных горожан расстрелял на поле из пушек. Между Паниным и Потемкиным разгорелась настоящая борьба из-за подследственных. Прошедшие через панинский сыск, уже никому не могли ничего рассказать. Звериная жестокость Петра Панина показала себя в приемах допросов в военной канцелярии. Эти вопросы подробно исследованы в недавно опубликованной источниковедческой работе современного историка Р. В. Овчинникова, посвященной материалам следствия и суда над Пугачевым. Число подвергшихся разного рода наказаниям по приговорам Панина составило около двадцати тысяч человек.
Павел Сергеевич писал из Казани Екатерине II и своему брату, жалуясь на действия Панина. Особенно возмутило Потемкина то, что Петр Иванович, захватив секретаря Пугачева мценского купца Трофимова — составителя последних указов мнимого императора Петра III (он действовал под именем А. И. Дубровского), не только не передал его следственной комиссии, обращением во время допросов довел до смерти. Из рук правительства ушел один из главных свидетелей, который, по словам Павла Сергеевича, был «всех умнее». В могиле «тайны нужные вместе с ним погребены», — заключал Потемкин. Почему Петр Иванович сначала долго держал «обер-секретаря» в Царицыне и Саратове, а когда встал вопрос о его передаче, позволил убить на допросе? Что мог рассказать 24-летний грамотный сотрудник Пугачева? Об этом остается только догадываться.
1 октября 1774 г. выданный собственными сообщниками Пугачев был привезен А. В. Суворовым в Симбирск, где пленника принял Панин. На допросе он накинулся на злодея с кулаками и вырвал ему клок бороды. Вскоре следствие переместилось в Москву, сюда же вместе с «главными колодниками» приехал П. С. Потемкин. Именно здесь, в Первопрестольной, разгорелась последняя схватка между сторонниками и противниками императрицы в деле, связанном с крестьянской войной. Екатерина официально не принимала участия в следствии и суде, но ее переписка с П. С. Потемкиным, М. Н. Волконским и генерал-прокурором Сената А. А. Вяземским, председательствовавшем на суде, доказывает, что она ни на минуту не выпускала из рук нитей следствия и проводила через своих приверженцев нужные ей решения.
Панинская группировка всячески старалась повлиять на следствие и суд, она добивалась сурового наказания вожаков восстания, в частности смертной казни через четвертование по крайней мере для 30–50 человек. Подобный шаг преследовал не только устрашение. В России вообще отвыкли от подобных зрелищ за время царствования Елизаветы Петровны, давшей обет «никого не казнить смертью». Никита Иванович помнил, как неприятно был поражен Петербург казнью В. Я. Мировича, ведь столица ожидала помилования. Обильная кровь на московских плахах не могла вызвать восторга у общества Первопрестольной. Партия Панина стремилась прочно связать имя императрицы со страшными событиями крестьянской войны и жестокой расправой над повстанцами. Но одно дело вешать мятежников в далеком Оренбуржье, и совсем другое — в сердце страны, на глазах у всего дворянства. Сам собой напрашивался вопрос, а достоин ли царствовать государь, допустивший в России новую смуту и такую кровавую расправу над побежденными?