В июле 1941 года ГКО предоставил особым отделам право внесудебного расстрела изменников и дезертиров. Мера эта была вынужденная. Однако в октябре 1942 года, после стабилизации фронта, ГКО отменил 161 внесудебные расстрелы и обязал особые отделы передавать дела об изменниках и дезертирах в суды военных трибуналов.
В качестве особой меры укрепления дисциплины при исключительных обстоятельствах допускался расстрел перед строем осужденных трибуналами дезертиров, уличенных в бандитизме и вооруженном грабеже. Хотя во фронтовых частях эта мера применялась крайне редко. К борьбе с дезертирством привлекались агентурно-осведомительные кадры как в действующих, так и в запасных частях. Осведомители сообщали в особые отделы о военнослужащих, которые, по их мнению, могли стать изменниками или дезертирами. Если данных для ареста было недостаточно, то подозреваемые лица не допускались в наряды, выполнявшие задания на переднем крае, или переводились в тыл. Заградительные отряды и воинские подразделения, приданные особым отделам для поиска дезертиров, прочесывали в прифронтовой полосе местность, выставляли заслоны.
О результативности работы особых отделов НКВД СССР можно судить по докладам НКВД СССР в ЦК КВП(б) и ГКО 8 августа 1942 года, согласно которым чекистами было задержано 11 765 вражеских агентов.
Эти агенты немецкой разведки и диверсанты, действовавшие на фронте и в тылу Красной Армии, в первый период войны, в основном были белоэмигрантами, мечтавшими о реванше; вербовались и попавшие в плен красноармейцы. Еще 15 июня 1941 года германское командование приступило к переброске на территорию СССР разведывательно-диверсионных групп и отдельных разведчиков, переодетых в советскую военную форму, владеющих русским языком, с заданиями после начала военных действий проводить диверсионные акты — разрушать линии телеграфно-телефонной связи, взрывать мосты и железнодорожные коммуникации, уничтожать воинские склады и другие важные объекты, захватывать в тылу Красной Армии мосты и удерживать их до подхода передовых частей вермахта.
Значительная часть немецких агентов, которых спецслужбы Третьего рейха вербовали из военнопленных и жителей оккупированных районов, добровольно сдавались сразу же после перехода линии фронта органам НКВД и военному командованию. Те же, кто собирался выполнять задание немцев, почти всегда попадали в руки «особистов» или сотрудников органов госбезопасности.
При советской власти об организующей и руководящей роли Лубянки в партизанском движении говорить и писать было не принято, хотя 90 % партизанских отрядов было сформировано с участием чекистов. Например, к моменту создания 18 января 1942 года Четвертого управления (разведка и диверсии в тылу врага) НКВД СССР, на его учете состояло 1798 партизанских отрядов (70 796 бойцов и командиров) и 1153 разведывательно-диверсионных групп (7143 разведчиков и подрывников). И это без учета партизанских отрядов сформированных чекистами на местах и из-за неразберихи первого года войны не учтенных Москвой.