Одновременно шла подготовка кадров для особых отделов и в самой Высшей школе. Так, в 1942 году большая группа выпускников была направлена в распоряжение особого отдела Сталинградского фронта. А всего, за время Великой Отечественной войны Высшей школой для особых отделов было подготовлено 1943 человека.
* * *
Главной целью военных контрразведчиков было противодействие немецким спецслужбам. Система мер борьбы с агентами немецкой разведки включала оперативные, заградительные и профилактические мероприятия. Основная роль в контрразведывательной работе особых отделов отводилась агентурно-осведомительному аппарату.
По мнению ветерана «Смерша» генерал-майора С. 3. Острякова, «особисты» с первых месяцев войны эффективно боролись с агентурой противника. При этом они ограничивались защитной тактикой — ловили вражеских шпионов и диверсантов, проверяли одиночных выходцев из плена и окружения противника, выявляли трусов и паникеров в воинских частях, помогали командованию наводить строгий порядок в прифронтовой полосе.
Отдельные Особые отделы пытались организовать оперативную работу за линией фронта, но носила она в основном военно-разведывательный характер. Поясним, что речь шла о переброске через линию фронта разведывательно-диверсионных групп, которые действовали в прифронтовой зоне. Они занимались сбором сведений о месторасположении различных объектов (штабов, хранилищ горючего, складов и т. п.) и дислокации воинских частей, а также проведением различных диверсионных акций.
Несмотря на трудности, связанные с первыми месяцами войны. Особые отделы действовали решительно и эффективно. Один из первых итогов работы военной контрразведки был подведен 10 октября 1941 года заместителем начальника Управления особых отделов Соломоном Мильштейном: «Особыми отделами НКВД и заградительными отрядами НКВД по охране тыла задержано 657 364 военнослужащих, отставших от своих частей и бежавших с фронта. Из них оперативными заслонами Особых отделов задержано 249 969 человек и заградительными отрядами войск НКВД по охране тыла — 407 395 военнослужащих…
Из числа задержанных Особыми отделами арестовано 25 878 человек, остальные 632 486 человек сформированы в части и вновь направлены на фронт…
Шпионов — 1505; диверсантов — 308; изменников — 2621; трусов и паникеров — 2643; распространителей провокационных слухов — 3987; самострельщиков — 1671; других — 4371».
В декабре 1941 года по представлению НКВД ГКО принял решение об обязательной «фильтрации» военнослужащих, бежавших из плена или вышедших из окружения. Их направляли в специальные сборно-пересыльные пункты, созданные в каждой армии.