В первый период (с июля по октябрь 1944 года) выступления повстанцев были слабо организованными, что позволило органам НКВД при содействии отдельных частей Красной Армии только в декабре 1944 года — январе 1945 года ликвидировать 23 отряда литовцев (321 чел.) и арестовать 665 человек, уклонившихся от призыва в армию.
С декабря 1944 года повстанцы активизировали свою деятельность. К весне 1945 года их численность достигла 30 тысяч человек. Движение носило в основном разрозненный характер, отличалось большой автономией различных отрядов и их независимостью от руководящего центра. Сопротивление выражалось в форме террористических актов по отношению к партийным и советским работникам на местах, пропагандистам и агитаторам, ответственным за проведение коллективизации, рядовым литовцам, заподозренным в сотрудничестве с новыми властями. Не случайно с 1944 года до окончательного подавления повстанчества (в 1956 году) в Литве из 25 108 человек убитыми и 2965 человек ранеными, более 23 тысяч человек были литовцами. Свои били своих.
В результате усиления оперативно-боевой деятельности войск, дислоцированных в Литве (по имеющимся данным, около 50 тыс. чел.), за декабрь 1944 — январь 1945 годов ими была проведена 841 чекистско-войсковая операция, в ходе которых были убиты 27 923 повстанца, захвачено в плен — 4177 чел., сдались Красной Армии — 161 чел., были задержаны войсковыми нарядами — 777 чел., явились добровольно в советские комендатуры — 702 чел. При этом было арестовано 2613 «литовских и польских националистов», поймано более 70 «немецких ставленников, предателей, агентов и шпионов», задержано 46 немецких парашютистов и 189 дезертиров Красной Армии. Число задержанных «уклонистов» от призыва составило 15 170 чел. Было изъято большое количество оружия, боеприпасов и «нелегальной литературы». При этом советские войска потеряли 42 чел. убитыми и 94 — ранеными.
Не следует также забывать и о борьбе с забрасываемыми в тыл Красной Армии немецкими разведывательно-диверсионными группами. Так, с ноября 1944 года до середины февраля 1945 года на территории Литвы противодиверсионными формированиями Красной Армии и НКВД было ликвидировано 4045 человек. В борьбе с ними советские войска потеряли 151 человека.
В борьбе с националистическими вооруженными формированиями в годы войны Внутренние войска провели 9292 боевые операции, итогами которых стали ликвидация 47,5 тыс. бандитов и захват около 100 тысяч. В боях с бандами войска потеряли убитыми и ранеными 4787 человек.